Podatnik nie odzyska nadpłaty po uchyleniu interpretacji indywidualnej, jeżeli upłynął termin przedawnienia – wyrok NSA

NSA orzekł, że pojęcie nadpłaty ma w ustawie z 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (dalej: Ordynacja podatkowa) znaczenie uniwersalne i przedawnienie jako instytucja prawa materialnego musi być bezwzględnie respektowane. Zasada nieszkodzenia wynikająca z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej chroni podatnika jedynie przed negatywnymi skutkami w postaci odsetek czy sankcji karnych skarbowych, ale nie stanowi podstawy do przywrócenia wygasłego prawa do żądania zwrotu nadpłaty po upływie terminu przedawnienia – wyrok NSA z 8 stycznia 2026 r., sygn. akt I FSK 240/23.

Stan faktyczny

Sprawa dotyczyła zagranicznej spółki (z siedzibą na Malcie), świadczącej usługi internetowych zakładów wzajemnych na rzecz polskich klientów. Spółka rozliczała VAT w procedurze MOSS (Mały Punkt Kompleksowej Obsługi) według stawki 23%. Podatnik wystąpił o interpretację indywidualną, chcąc potwierdzić prawo do zwolnienia z VAT dla tych usług. Organ uznał jednak, że podlegają one opodatkowaniu.

Spółka zastosowała się do niekorzystnej interpretacji, ale jednocześnie zaskarżyła ją do sądu. Po kilku latach postępowań, w lipcu 2021 r., Naczelny Sąd Administracyjny ostatecznie potwierdził, że stanowisko organu było błędne, a usługi te korzystają ze zwolnienia. Wyposażona w ten wyrok spółka złożyła 31 grudnia 2021 r. wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty VAT za trzy pierwsze kwartały 2015 r.

Stanowisko organu podatkowego

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji o odmowie wszczęcia postępowania. Wskazał, że po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego wygasa materialnoprawne prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W takiej sytuacji organ – działając na podstawie art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej – jest zobowiązany odmówić wszczęcia postępowania.

Organ podkreślił, że uchylenie interpretacji indywidualnej przez sąd administracyjny nie wpływa na bieg ani na upływ terminu przedawnienia. Złożenie skargi na interpretację nie pozbawia podatnika możliwości równoległego wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty przed upływem terminu przedawnienia. Zasada „nieszkodzenia” wynikająca z art. 14k Ordynacji podatkowej nie może prowadzić do obejścia przepisów o przedawnieniu, które mają charakter materialnoprawny i bezwzględnie obowiązujący.

Dyrektor powołał się również na orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, w szczególności wyrok w sprawie C-500/16, wskazując, że krajowe terminy przedawnienia – o ile są zgodne z zasadą skuteczności i równoważności – nie naruszają prawa UE, nawet jeśli dotyczą zwrotu podatku pobranego niezgodnie z prawem unijnym.

Stanowisko WSA i NSA

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 8 stycznia 2026 r. (sygn. akt I FSK 240/23) oddalił skargę kasacyjną spółki, podtrzymując w mocy wyrok sądu pierwszej instancji, oraz potwierdził, że pojęcie nadpłaty ma w Ordynacji podatkowej znaczenie uniwersalne i przedawnienie jako instytucja prawa materialnego musi być bezwzględnie respektowane. Sąd kasacyjny zaznaczył, że zasada nieszkodzenia wynikająca z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej chroni podatnika jedynie przed negatywnymi skutkami w postaci odsetek czy sankcji karnych skarbowych, ale nie stanowi podstawy do przywrócenia wygasłego prawa do żądania zwrotu nadpłaty po upływie terminu przedawnienia.

Od redakcji

Wyrok ten stanowi istotną przestrogę dla podatników toczących długoletnie spory interpretacyjne. Potwierdza on, że samo zaskarżenie interpretacji nie wystarczy, by chronić swoje interesy majątkowe, jeśli proces sądowy trwa dłużej niż okres przedawnienia podatku. Jeśli spór dotyczy okresów, które niebawem ulegną przedawnieniu, jedynym skutecznym rozwiązaniem jest złożenie wniosku o nadpłatę jeszcze przed upływem 5-letniego terminu, nawet jeśli sprawa interpretacji jest wciąż w toku.

Dla podatników płynie stąd kluczowy wniosek: wygrana przed sądem w sprawie interpretacji indywidualnej może okazać się „pyrrusowym zwycięstwem”, jeśli w międzyczasie dojdzie do przedawnienia zobowiązań, których ta interpretacja dotyczyła. Należy pamiętać, że bieg przedawnienia w VAT nie ulega zawieszeniu na czas trwania postępowania w sprawie interpretacji, dlatego pilnowanie terminów wynikających z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej jest niezbędne do odzyskania nadpłaconych środków.

Rafał Styczyński

prawnik, doradca podatkowy

Treści dostępne dla abonentów IFK Platformy Księgowych i Kadrowych

Już dziś zamów dostęp
do IFK Platforma Księgowych i Kadrowych

• Codzienne aktualności prawne
• Porady i artykuły z najpopularniejszych czasopism INFOR wraz z bieżącymi wydaniami
• Bogatą bibliotekę materiałów wideo
• Merytoryczne dodatki, ściągi, plakaty

Zamów teraz Masz już konto? Zaloguj się