Podstawą zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług, tj. odmówienia podatnikowi VAT prawa do odliczenia podatku naliczonego, jest ustalenie, że faktura, w której wskazany został podatek naliczony, nie odzwierciedla rzeczywistego zdarzenia gospodarczego między wystawcą a odbiorcą tego dokumentu.

Pomoc osoby trzeciej w zarządzaniu i prowadzeniu działalności gospodarczej, nawet jeżeli osoba ta ma decydujący wpływ na niektóre obszary przedsiębiorstwa, nie wystarczy sama przez się do uznania istnienia firmanctwa, o ile osoba zarejestrowana jako przedsiębiorca również aktywnie uczestniczy w działalności i nie są naruszone przesłanki uznania jej za podatnika VAT w rozumieniu przepisów o podatku

Dofinansowanie otrzymywane przez podatnika w ramach wsparcia związanego z wycofaniem produktów z rynku i ich nieodpłatnym przekazaniem określonym podmiotom nie stanowi podstawy opodatkowania określonej w art. 29a ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, gdyż nie dochodzi w takim przypadku do realizacji czynności opodatkowanej w zamian za konkretną należność.

W ramach postępowania o wydanie zaświadczenia organ podatkowy nie prowadzi pełnej analizy prawnofaktycznej, w tym badania przedawnienia zobowiązań podatkowych zabezpieczonych hipoteką, lecz wydaje zaświadczenie stanowiące odzwierciedlenie danych z ewidencji i rejestrów, którymi dysponuje.