Zgodnie z art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej, po wszczęciu postępowania podatkowego, który obejmuje okres wymagający stwierdzenia nadpłaty, żądanie podatnika o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w ramach tego postępowania, co wyklucza możliwość prowadzenia równoległego i odrębnego postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty.

W przypadku stwierdzenia fikcyjności faktur, działanie organów podatkowych polegające na nieuznaniu tych faktur za koszty uzyskania przychodu jest prawidłowe i nie narusza zarówno przepisów prawa materialnego, jak i konstytucyjnych zasad ochrony praw podatnika.

Statek zaopatrzeniowy, który nie jest eksploatowany w transporcie międzynarodowym, nie spełnia kryteriów umożliwiających zastosowanie ulgi podatkowej na podstawie umowy międzynarodowej o unikaniu podwójnego opodatkowania, nawet jeśli wykonuje czynności wspierające międzynarodowy transport morski.

W sytuacji, gdy po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty zostanie wszczęte postępowanie podatkowe w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego za ten sam okres, żądanie zawarte we wniosku o nadpłatę podlega rozstrzygnięciu w ramach tego postępowania, a nie w odrębnym postępowaniu dotyczącym stwierdzenia nadpłaty, zgodnie z art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej.

W przypadku zarzutów fikcyjnego charakteru faktur w sprawach podatkowych, ocena dowodów musi opierać się na całości zgromadzonego materiału, a prawidłowe ustalenie stanu faktycznego pozwala organom podatkowym na zastosowanie odpowiednich regulacji prawa materialnego w celu określenia zobowiązań podatkowych.

Postępowanie podatkowe dotyczące zwolnienia z podatku od nieruchomości staje się bezprzedmiotowe, gdy skarżący złożył wymagane dokumenty potwierdzające prawo do korzystania ze zwolnienia, a nie występuje żądanie przyznania nowego zwolnienia, co uniemożliwia merytoryczne rozstrzygnięcie przez organ podatkowy.

Zgodnie z art. 115 § 1 Ordynacji podatkowej w ramach prowadzonego postępowania w przedmiocie odpowiedzialności podatkowej osób trzecich organ podatkowy ma obowiązek wykazać jedynie istnienie zaległości podatkowych spółki oraz fakt bycia komplementariuszem.

Członek zarządu może uwolnić się od odpowiedzialności za zaległości podatkowe spółki, jeżeli we właściwym czasie zgłosi wniosek o ogłoszenie upadłości spółki.