Postanowienie organu o zaliczeniu wpłaty podatkowej ma charakter deklaratoryjny i odpowiada za rozliczenie zaległości z dniem dokonania wpłaty; podatnik nie może w jego ramach kwestionować istnienia zaległości podatkowej. Podnoszone zarzuty nie wykazały naruszenia prawa procesowego ani materialnego przez organ.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki VAT przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, bez dostatecznych przesłanek znanych w dacie decyzji, stanowiło rażące naruszenie zasady proporcjonalności i prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że odrzucenie wniosku o dowód z opinii biegłego było zasadne, gdyż sposób zaliczania wpłat na poczet zaległości podatkowych nie wymaga uzyskania opinii biegłego, a ocenie podlega sposób stosowania przepisów prawa podatkowego. Skarga kasacyjna została oddalona.

Postanowienie o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowej ma charakter deklaratoryjny i wskazuje na dokonanie czynności rozliczeniowej. Podatnik może kwestionować sposób, ale nie istnienie zaległości podatkowych w tym trybie.

Zaliczenie wpłaty na poczet zaległości podatkowej według prawa podatkowego jest czynnością deklaratoryjną, a nie konstytutywną. W postępowaniach o zaliczenie wpłaty kwestionowanie istnienia zaległości nie jest możliwe; można jedynie kwestionować sposób zaliczenia.

W przypadku wniosku o ograniczenie poboru zaliczek na podatek dochodowy od podatnika eksploatującego statek w transporcie międzynarodowym, organy podatkowe muszą wnikliwie ocenić zgromadzony materiał dowodowy, aby prawidłowo ustalić miejsce faktycznego zarządu statkiem, co jest kluczowe dla zastosowania przepisów o unikaniu podwójnego opodatkowania.

Wszczęcie postępowania karnego za przestępstwa skarbowe przerywa bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, o ile jego cel nie jest instrumentalny. Oszukane roszczenia VAT, świadczące o uczestnictwie w karuzeli podatkowej, wykluczają prawo do odliczenia VAT.

Umowa dzierżawy infrastruktury wodno-kanalizacyjnej ustalająca wynagrodzenie na niskim poziomie sugeruje brak ekonomicznego uzasadnienia i może świadczyć o nadużyciu prawa. Naczelny Sąd Administracyjny uznaje za słuszną odmowę wydania interpretacji podatkowej przez KIS w kontekście podejrzeń o próbę uzyskania nienależnej korzyści podatkowej.

Organ wydając interpretację indywidualną nie wykreował odrębnego stanu faktycznego, lecz dokonał oceny na podstawie obowiązujących przepisów o VAT, uwzględniając całokształt działalności wnioskodawcy, co uzasadnia częściowe odliczenie podatku.