Orzeczenie utrzymuje w mocy decyzję organów, uznając, że faktury od W. nie dokumentują rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, a zobowiązanie podatkowe M.M. określone za grudzień 2014 r. było prawidłowe, bez naruszenia praw proceduralnych.

Konieczne jest przestrzeganie zasady dwuinstancyjności w postępowaniu podatkowym. Organ odwoławczy nie może zaskakiwać strony zmianą kwalifikacji prawnej na etapie decyzji odwoławczej, gdyż narusza to prawo strony do obrony i zaufania do organu.

Wymóg załączenia skonsolidowanego sprawozdania finansowego do dokumentacji cen transferowych nie został udowodniony prawnie przez organ; zatem uzasadnienie interpretacji indywidualnej musi jasno określać tok myślenia organu oraz wyjaśniać stosowanie prawa w przedstawionym stanie faktycznym.

Interpretacja indywidualna Dyrektora KIS nie spełnia wymogów prawnych w zakresie uzasadnienia prawnego; nienależyte wyjaśnienie powodów nieprawidłowości stanowiska podatnika skutkuje uchyleniem części interpretacji dotyczącej skonsolidowanego sprawozdania finansowego.

Naczelny Sąd Administracyjny uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny, zobowiązując do pełnej analizy prawnej zarzutów dotyczących formalności i materialności postanowienia o zaliczeniu wpłaty na zaległość podatkową.

Zaskarżonemu wyrokowi sądu pierwszej instancji zarzuca się niepełne odniesienie się do wszystkich zarzutów, brak weryfikacji istnienia zaległości podatkowej oraz błędne traktowanie postanowienia o zaliczeniu wpłaty jako aktu czysto formalnego. Sprawa zostaje przekazana do ponownego rozpoznania.

Umowy uznane za pozorne nie mogą stanowić podstawy do potrąceń podatkowych. Organy podatkowe winny wykazać nierzetelność faktur lub pozorność czynności prawnych w świetle wykładni art. 199a § 2 O.p. w zw. z art. 83 § 1 k.c.