Przepisy prawa podatkowego i ustawy o wspieraniu nowych inwestycji nie wymagają prowadzenia przez przedsiębiorcę odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i decyzji o wsparciu, a pomoc publiczną należy wykorzystywać sekwencyjnie według kolejności wydania zezwoleń i decyzji, co umożliwia prowadzenie jednej łącznej ewidencji dla różnych rodzajów zezwoleń i wsparcia

Czynności sprawdzające obejmują nie tylko analizę formalną dokumentów, ale również ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami, zgodnie z art. 272 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Organ podatkowy jest uprawniony do żądania od podatnika przedstawienia dokumentów i złożenia wyjaśnień w ramach postępowania sprawdzającego.

Oszacowanie podstawy opodatkowania przez organy podatkowe może opierać się na danych z podmiotów prowadzących działalność w porównywalnych obszarach, nawet jeśli dane te dotyczą różnych sposobów prowadzenia działalności, o ile nie wpływa to istotnie na wysokość ustalanych narzutów dla celów podatkowych.