W przypadku stwierdzenia mieszanej działalności gospodarczej podatnika wykonującej czynności zarówno opodatkowane, jak i zwolnione z VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje w proporcji odpowiedniej do udziału wykonywanych czynności opodatkowanych w całkowitych obrotach podatnika.

Podmiot prowadzący działalność statutową w sferze społecznej, który wspomagająco wykonuje czynności gospodarcze, nie ma prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego od wydatków poniesionych na realizację zadań społecznych, jeśli te wydatki nie wykazują bezpośredniego ani nawet pośredniego związku z działalnością gospodarczą, a służą wyłącznie realizacji celów statutowych.

Podatnik nie ma prawa do pełnego odliczenia podatku naliczonego w ramach działalności mieszanej, jeżeli wydatki nie były bezpośrednio i w całości przyporządkowane do wykonania czynności opodatkowanych, a sankcja za niewłaściwe odliczenie podatku naliczonego może być zastosowana także w przypadku nieprawidłowości nie mających charakteru oszustwa podatkowego, lecz prowadzących do nieuzasadnionego uszczuplenia

Zasada prawdy obiektywnej w postępowaniu podatkowym zobowiązuje organy podatkowe do gromadzenia i uzupełniania materiału dowodowego tylko do momentu uzyskania pewności co do stanu faktycznego sprawy, natomiast obowiązek ten nie jest nieograniczony i nie zawsze uzasadnia niezbędność przeprowadzenia wszystkich wnioskowanych przez strony dowodów.