Puste faktury wystawione na rzecz podatnika nie mogą stanowić podstawy do odliczenia podatku w nich wykazanego na podstawie art. 86 ust. 1 w związku z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług, zaś faktury o takim charakterze wprowadzone do obrotu przez podatnika mogą stanowić podstawę do określenia podatku do zapłaty zgodnie z art. 108 tej ustawy.
W przypadku stwierdzenia fikcyjności faktur, działanie organów podatkowych polegające na nieuznaniu tych faktur za koszty uzyskania przychodu jest prawidłowe i nie narusza zarówno przepisów prawa materialnego, jak i konstytucyjnych zasad ochrony praw podatnika.
Zgodnie z art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej, po wszczęciu postępowania podatkowego, który obejmuje okres wymagający stwierdzenia nadpłaty, żądanie podatnika o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w ramach tego postępowania, co wyklucza możliwość prowadzenia równoległego i odrębnego postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty.
Z perspektywy art. 3 pkt 5 in fine ustawy z dnia 6 lipca 2016 r. o podatku od sprzedaży detalicznej (Dz. U. poz. 1155, ze zm.; t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 148; dalej: u.p.s.d.) ocenę tego, czy w ramach danej transakcji to usługa, czy związana z nią sprzedaż towaru ma charakter dominujący, podejmowana być musi z punktu widzenia samego konsumenta, poprzez odpowiedź na pytanie – czy przedmiotem jego zainteresowania
Faktury uznane za "puste" w rozumieniu przepisów prawa podatkowego, nieodzwierciedlające rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, nie mogą stanowić podstawy do zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów podatnika.