W wyroku łącznym granice kary łącznej grzywny wymierzonej w stawkach dziennych, o których mowa w art. 86 § 1 k.k. i art. 39 § 1 k.k.s., wyznaczane są wyłącznie przez kryterium liczby stawek dziennych. Wysokość na nowo określonej stawki dziennej nie może jednak przekraczać najwyższej ustalonej poprzednio (art. 86 § 2 k.k.).

Jeżeli przepis przyjęty w ramach kumulatywnego zbiegu przepisów ustawy, zastosowanego na podstawie art. 7 § 1 k.k.s., nie zawiera znamion pozwalających, po ich wypełnieniu, na złożenie korekty deklaracji podatkowej, to wykluczone jest zaniechanie ukarania sprawcy na podstawie art. 16a k.k.s. za tak zakwalifikowane przestępstwo, mimo że wypełniło ono również znamiona czynu objętego tym przepisem.

Nie można łączyć skutku wykroczeń skarbowych z art. 76 § 3 k.k.s. z samym wygenerowaniem nierzetelnych faktur. Przepis art. 76 § 1 k.k.s. bowiem wymaga, aby poprzez wprowadzenie w błąd właściwego organu, w sposób wskazany w tym przepisie, doszło do narażenia "na nienależny zwrot" należności podatkowej bądź jej nadpłaty.

Art. 443 k.p.k. nie ma zastosowania w przypadku, gdy sąd odwoławczy ponownie rozpoznaje sprawę, na skutek uwzględnienia przez Sąd Najwyższy kasacji wniesionej na korzyść skazanego w warunkach określonych w art. 343 lub art. 387 albo art. 156 Kodeksu karnego skarbowego i uchylenia wyroku sądu drugiej instancji.

Po zmianie treści art. 41 k.k.s. ustawą z dnia 28 lipca 2005 r. o zmianie ustawy - Kodeks karny skarbowy oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 178, poz. 1479), w wypadkach wskazanych w tym przepisie sąd nakłada na sprawcę obowiązek uiszczenia uszczuplonej należności tylko wtedy, gdy jest ona wymagalna. Należność wymagalna to taka, której organ podatkowy może skutecznie dochodzić za pomocą dostępnych