Zmiana kontraktu na umowę o pracę. Skutki podatkowe decyzji inspektora pracy

Od 8 lipca 2026 r. inspektorzy pracy mogą przekształcać umowy B2B w umowy o pracę, co niesie za sobą konsekwencje podatkowe dla pracodawcy. W PIT musi on rozliczyć zaległe zaliczki wraz z odsetkami za zwłokę, a w VAT – po otrzymaniu faktury korygującej od byłego zleceniobiorcy – skorygować podatek naliczony.

Kiedy decyzja inspektora pracy staje się wykonalna

Zawarcie umowy o pracę następuje już z dniem wydania decyzji przez inspektora PIP. Sama decyzja staje się jednak wykonalna dopiero:

• z dniem następującym po upływie terminu do wniesienia odwołania – gdy żadna ze stron nie zaskarżyła decyzji, albo
• z dniem uprawomocnienia się orzeczenia sądu – jeżeli odwołanie zostało wniesione.

Największe wątpliwości podatników dotyczą właśnie tego drugiego przypadku - co dzieje się z rozliczeniami podatkowymi za okres, w którym wykonalność decyzji jest wstrzymana z powodu toczącego się postępowania sądowego, a sąd ostatecznie utrzymuje decyzję inspektora w mocy.

Skutki w podatku dochodowym (PIT)

Jeśli sąd podtrzyma decyzję inspektora PIP, oznacza to, że przez cały sporny okres źródłem przychodu podatnika był stosunek pracy, a nie działalność gospodarcza. W praktyce wiąże się to z koniecznością korekty rozliczeń PIT za okres od dnia wydania decyzji przez inspektora do zakończenia postępowania sądowego.

Podatnik może wystąpić o stwierdzenie nadpłaty z tytułu zaliczek na PIT zapłaconych w związku z prowadzoną wcześniej działalnością gospodarczą.

Ministerstwo Finansów potwierdziło przy tym ważną zasadę ochronną dla pracownika. Na podstawie art. 26a § 1 Ordynacji podatkowej podatnik nie odpowiada za zaniżenie lub nieujawnienie przez płatnika podstawy opodatkowania z tytułu przychodów ze stosunku pracy – do wysokości zaliczki, którą płatnik był zobowiązany pobrać. Odpowiedzialność za niepobrany lub pobrany, lecz niewpłacony podatek spoczywa na płatniku, a organ podatkowy określa jej wysokość w drodze decyzji (art. 30 § 1 i 4 Ordynacji podatkowej). Odsetki za zwłokę nalicza się od dnia następującego po upływie terminu wpłaty podatku, a obowiązek ich naliczenia obciąża właśnie płatnika (art. 53 § 3 i 4 Ordynacji podatkowej).

Skutki w podatku VAT

Przekształcenie umowy B2B w umowę o pracę rodzi konsekwencje również na gruncie podatku VAT. Skoro inspektor PIP uznał, że współpraca w rzeczywistości miała charakter stosunku pracy, oznacza to, że w spornym okresie podatnik formalnie nie prowadził działalności gospodarczej w rozumieniu przepisów ustawy o VAT. Konsekwencją jest brak podstaw do wystawiania faktur VAT za ten okres, a tym samym – konieczność wystawienia faktur korygujących.

Resort finansów podkreślił, że ocena skutków na gruncie VAT ma charakter następczy wobec kwalifikacji samej czynności – dopiero uznanie, że podatnik nie prowadził działalności gospodarczej przesądza o obowiązku korekty dokumentacji. Skutki dotykają obu stron transakcji:

• wystawca faktury (były zleceniobiorca) musi skorygować swoje rozliczenia,
• odbiorca faktury (pracodawca) musi dokonać korekty VAT naliczonego, co w niektórych przypadkach oznacza konieczność dopłaty podatku wraz z odsetkami za zwłokę.

Nierozstrzygnięta pozostaje kwestia, jak organy podatkowe potraktują odliczenia dokonane wcześniej przez samego podatnika – zwłaszcza że zgodnie z ustawą o VAT wystawienie faktury nieodzwierciedlającej rzeczywistej transakcji wiąże się z obowiązkiem zapłaty wynikającego z niej podatku, niezależnie od okoliczności. Z tego względu MF rekomenduje podatnikom występowanie o indywidualne interpretacje podatkowe, które pozwolą uzyskać pewność co do sposobu korekty rozliczeń w konkretnym stanie faktycznym.

Oprac. Katarzyna Bogucka, Redakcja INFORLEX