W przypadku nadpłaty podatkowej wynikającej z niezgodności przepisów krajowych z prawem UE, organ podatkowy zobowiązany jest do uwzględnienia wykładni prawa unijnego dokonanej przez TSUE przy rozpoznawaniu wniosków o stwierdzenie nadpłaty; brak działań państwa w kierunku dostosowania prawa krajowego do regulacji UE nie może obciążać podatnika.

Odsetki zasądzone za opóźnienie w zapłacie odszkodowania nie podlegają zwolnieniu podatkowemu przewidzianemu w art. 21 ust. 1 pkt 3b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ponieważ nie stanowią części odszkodowania i są traktowane jako odrębna podstawa opodatkowania.

Czynności sprawdzające obejmują nie tylko analizę formalną dokumentów, ale również ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami, zgodnie z art. 272 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Organ podatkowy jest uprawniony do żądania od podatnika przedstawienia dokumentów i złożenia wyjaśnień w ramach postępowania sprawdzającego.