W postępowaniu podatkowym ocena związku poniesionych wydatków z działalnością gospodarczą podatnika wymaga dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i wyczerpującego rozpatrzenia materiału dowodowego. Odmowa zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodu z powodu braku racjonalnego i gospodarczego uzasadnienia wymaga jednoznacznego wykazania braku związku tych wydatków z działalnością gospodarczą

Faktury uznane za "puste" w rozumieniu przepisów prawa podatkowego, nieodzwierciedlające rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, nie mogą stanowić podstawy do zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów podatnika.

Wydatki ponoszone przez podatnika na spotkania integracyjne z udziałem współpracowników, będących osobami fizycznymi prowadzącymi działalność gospodarczą i świadczącymi usługi na podstawie umów B2B, nie mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów ze względu na brak związku przyczynowo-skutkowego z osiąganiem przychodów przez podatnika oraz z uwagi na ich charakter wynikający z art. 16 ust. 1

W sytuacji, gdy po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty zostanie wszczęte postępowanie podatkowe w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego za ten sam okres, żądanie zawarte we wniosku o nadpłatę podlega rozstrzygnięciu w ramach tego postępowania, a nie w odrębnym postępowaniu dotyczącym stwierdzenia nadpłaty, zgodnie z art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej.

W przypadku zarzutów fikcyjnego charakteru faktur w sprawach podatkowych, ocena dowodów musi opierać się na całości zgromadzonego materiału, a prawidłowe ustalenie stanu faktycznego pozwala organom podatkowym na zastosowanie odpowiednich regulacji prawa materialnego w celu określenia zobowiązań podatkowych.

W postępowaniu podatkowym prawidłowe ustalenie stanu faktycznego przez organy podatkowe powinno uwzględniać zbiór materiału dowodowego adekwatnego do oceny realizacji rzeczywistych operacji gospodarczych, a odmowa przeprowadzenia wnioskowanych dowodów jest zasadna, jeśli ich przeprowadzenie nie miałoby znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy.

Zakup systemów informatycznych przez podatnika, które są wykorzystywane w prowadzonej przez niego działalności gospodarczej, kwalifikuje wydatki poniesione na ten cel jako koszty uzyskania przychodu nawet w przypadku, gdy organy podatkowe kwestionują racjonalność poniesionych nakładów.