Pod pojęciem "stosowania przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego do decyzji", o którym mowa w art. 16 ust. 2 u.d.i.p. nie należy rozumieć jedynie wymogu stosowania przepisów wprost odnoszących się do tej formy działania administracji publicznej, ale także nakaz stosowania wszelkich przepisów pozostających w związku z wydaniem decyzji.

W sytuacji gdy decyzja o pozwoleniu na użytkowanie pozostaje w obrocie prawnym, ocena prawna wyrażona w tej decyzji jest wiążąca, a jej podważenie możliwe byłoby dopiero po wyeliminowaniu z obrotu prawnego decyzji o pozwoleniu na użytkowanie wydanej zgodnie z art. 55 pr.bud.