Niepubliczny zakład opieki zdrowotnej jest jednostką odrębną w stosunku do tworzącego go i utrzymującego podmiotu. Innymi słowy niepubliczny zakład opieki zdrowotnej utworzony przez osobę prawną, posiadający zdolność prawną, odrębną strukturę organizacyjną, odrębny przedmiot działania oraz majątek jest jako jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej podatnikiem podatku dochodowego od osób

Przepis art. 43 ust. 1 pkt 37 ustawy o VAT stanowi implementację do krajowego porządku prawnego przepisu art. 135 ust. 1 lit. a) Dyrektywy 112, zgodnie z którym zwolnieniu od VAT podlegają transakcje ubezpieczeniowe i reasekuracyjne wraz z usługami pokrewnymi świadczonymi przez brokerów ubezpieczeniowych i agentów ubezpieczeniowych.

Niepublicznym zakładom opieki zdrowotnej przysługuje status podatnika CIT i wynikające z niego uprawnienia.

Świadczenie z tytułu zasiłku chorobowego, wypłacone po śmierci ubezpieczonego na podstawie art. 65 ust. 2 ustawy z dnia 25 czerwca 1999 r. o świadczeniach pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa (Dz. U. z 2010 r. Nr 77, poz. 512 ze zm.) osobom uprawnionym do podjęcia wynagrodzenia lub dochodu ubezpieczonego, stanowi dla tych osób przychód z praw majątkowych na podstawie

Jeżeli niepubliczny zakład opieki zdrowotnej będący samodzielnym podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, prowadzi działalność w zakresie ochrony zdrowia, to na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. jego dochody wydatkowane na cele statutowe związane z ochroną zdrowia wolne są od podatku dochodowego.