Termin przedawnienia należności z tytułu dofinansowania wynagrodzeń osób niepełnosprawnych określają przepisy krajowe, a nie rozporządzenie unijne. W tym zakresie powinna obowiązywać ordynacja podatkowa, która wyznacza pięcioletni termin przedawnienia.

Gdy pracodawca nie rozliczy się z PFRON do 31 stycznia roku następującego po tym, za który przysługują mu dopłaty do pensji, prezes funduszu może wydać decyzję o odmowie wypłaty. Może to zrobić jednak tylko wtedy, gdy wcześniej wydał decyzję o ich wstrzymaniu do czasu uiszczenia zaległości.