Sąd administracyjny ma kompetencję do odmowy zastosowania przepisu rozporządzenia, który narusza normy wyższego stopnia, nawet w przypadku obowiązywania klauzuli odraczającej skutki wyroku Trybunału Konstytucyjnego, co uzasadnia obowiązek zwrotu nienależnie pobranych opłat.

Sąd administracyjny ma prawo odmówić zastosowania przepisu prawa, który został uznany za niezgodny z Konstytucją przez Trybunał Konstytucyjny, nawet jeśli przepis ten jeszcze formalnie obowiązuje, co uzasadnia obowiązek zwrotu nadpłaconych opłat pobranych na jego podstawie.

Sąd administracyjny jest uprawniony do odmowy zastosowania przepisu wykonawczego uznanego przez Trybunał Konstytucyjny za niezgodny z Konstytucją RP, nawet przed upływem terminu utraty mocy obowiązującej tego przepisu, jeżeli stanowi to podstawę do zwrotu nienależnie pobranej opłaty administracyjnej.

Wznowienie postępowania administracyjnego i odmowa przyznania płatności jest uzasadniona, gdy po wydaniu pierwotnej decyzji wyjdą na jaw istotne dla sprawy okoliczności faktyczne, nieznane organowi i istniejące w dniu wydania tej decyzji, świadczące o sztucznym tworzeniu warunków do uzyskania płatności w celu otrzymania korzyści sprzecznych z celami systemu wsparcia, określonymi w odpowiednich przepisach