Skoro agencja realizuje projekty unijne i dostaje w związku z tym dotacje stanowiące jedynie zwrot kosztów, to nie realizuje w tym zakresie odpłatnej działalności gospodarczej. W konsekwencji może odliczać tylko część VAT od zakupów.

O wymiarze podatku należnego od budynków decydują przepisy ustawy podatkowej i stan faktyczny, a nie zapisy w ewidencji gruntów i budynków. Spółka może je podważyć.