W postępowaniu podatkowym ocena związku poniesionych wydatków z działalnością gospodarczą podatnika wymaga dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i wyczerpującego rozpatrzenia materiału dowodowego. Odmowa zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodu z powodu braku racjonalnego i gospodarczego uzasadnienia wymaga jednoznacznego wykazania braku związku tych wydatków z działalnością gospodarczą

Faktury uznane za "puste" w rozumieniu przepisów prawa podatkowego, nieodzwierciedlające rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, nie mogą stanowić podstawy do zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów podatnika.

Statek zaopatrzeniowy, który nie jest eksploatowany w transporcie międzynarodowym, nie spełnia kryteriów umożliwiających zastosowanie ulgi podatkowej na podstawie umowy międzynarodowej o unikaniu podwójnego opodatkowania, nawet jeśli wykonuje czynności wspierające międzynarodowy transport morski.

W sytuacji, gdy po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty zostanie wszczęte postępowanie podatkowe w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego za ten sam okres, żądanie zawarte we wniosku o nadpłatę podlega rozstrzygnięciu w ramach tego postępowania, a nie w odrębnym postępowaniu dotyczącym stwierdzenia nadpłaty, zgodnie z art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej.

Zakup systemów informatycznych przez podatnika, które są wykorzystywane w prowadzonej przez niego działalności gospodarczej, kwalifikuje wydatki poniesione na ten cel jako koszty uzyskania przychodu nawet w przypadku, gdy organy podatkowe kwestionują racjonalność poniesionych nakładów.

W przypadku zarzutów fikcyjnego charakteru faktur w sprawach podatkowych, ocena dowodów musi opierać się na całości zgromadzonego materiału, a prawidłowe ustalenie stanu faktycznego pozwala organom podatkowym na zastosowanie odpowiednich regulacji prawa materialnego w celu określenia zobowiązań podatkowych.

W postępowaniu podatkowym prawidłowe ustalenie stanu faktycznego przez organy podatkowe powinno uwzględniać zbiór materiału dowodowego adekwatnego do oceny realizacji rzeczywistych operacji gospodarczych, a odmowa przeprowadzenia wnioskowanych dowodów jest zasadna, jeśli ich przeprowadzenie nie miałoby znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy.

Postępowanie podatkowe dotyczące zwolnienia z podatku od nieruchomości staje się bezprzedmiotowe, gdy skarżący złożył wymagane dokumenty potwierdzające prawo do korzystania ze zwolnienia, a nie występuje żądanie przyznania nowego zwolnienia, co uniemożliwia merytoryczne rozstrzygnięcie przez organ podatkowy.

Zgodnie z art. 115 § 1 Ordynacji podatkowej w ramach prowadzonego postępowania w przedmiocie odpowiedzialności podatkowej osób trzecich organ podatkowy ma obowiązek wykazać jedynie istnienie zaległości podatkowych spółki oraz fakt bycia komplementariuszem.

Członek zarządu może uwolnić się od odpowiedzialności za zaległości podatkowe spółki, jeżeli we właściwym czasie zgłosi wniosek o ogłoszenie upadłości spółki.