Organ podatkowy, działając na podstawie art. 169 § 1 Ordynacji podatkowej, zobowiązany jest wezwać wnoszącego podanie do usunięcia braków formalnych, pod rygorem pozostawienia podania bez rozpatrzenia. Przy ocenie wniosku o przywrócenie terminu, organ musi uwzględnić okoliczności wskazujące na brak winy w uchybieniu terminu, a w przypadku ich braku – wezwać stronę do przedłożenia stosownych dowodów

W sprawach dotyczących zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych organ wydaje postanowienie o charakterze rachunkowo-technicznym, które nie rozstrzyga o prawie do oprocentowania nadpłaty ani o wysokości tego oprocentowania; takie rozstrzygnięcie powinno być przedmiotem odrębnej decyzji administracyjnej.