Art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej pozwala organowi podatkowemu zaliczać wpłaty dokonane przez podatnika na poczet zaległości podatkowych w przypadku ich posiadania, zgodnie z wskazaniem najwcześniejszego terminu płatności, przy zachowaniu możliwości wyboru rodzaju podatku przez podatnika.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że skarga kasacyjna M.G. jest bezzasadna. Sąd potwierdził, że zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązań podatkowych było prawidłowe, a transakcja dokumentowana fakturą VAT miała charakter fikcyjny, co uzasadniało odmowę odliczenia podatku naliczonego.

Jeżeli podatnik posiada zaległości podatkowe, dokonana wpłata powinna być zaliczona na poczet zaległości o najwcześniejszym terminie płatności, a możliwości dyspozycyjne podatnika w zakresie wskazania tej wpłaty są ograniczone do wyboru rodzaju podatku, nie okresów rozliczeniowych.

Gminie przysługuje częściowe prawo do odliczenia VAT naliczonego od wydatków na budowę infrastruktury przystankowej. Działanie w sferze imperium wyłącza pełne odliczenie; należy stosować przepisy dotyczące proporcjonalnego odliczenia.

W sytuacji, gdy podatnik nie wskaże konkretnego zobowiązania podatkowego, organ podatkowy jest uprawniony do zaliczenia wpłaty na poczet zaległości o najwcześniejszym terminie płatności zgodnie z art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej. Preferencja organu dotyczy więc całej kategorii zaległości podatkowych przy braku szczegółowego wskazania przez podatnika.

Z chwilą wydania decyzji wymiarowej, kończącej postępowanie weryfikacyjne, organ traci uprawnienie do dalszego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki VAT, nawet po jej uchyleniu przez organ drugiej instancji.

W wyniku analizy stanu faktycznego, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że w przypadku nieistniejących transakcji brak było podstaw do badania dobrej wiary skarżącego i podtrzymał decyzję o braku prawa do odliczenia podatku naliczonego.

Wydatek na wyjazd integracyjny pracowników i współpracowników, mający pośredni związek z opodatkowaną działalnością gospodarczą, może być podstawą do odliczenia podatku VAT, o ile służy celom zwiększenia efektywności i wzmocnienia relacji wewnątrz zespołów, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Przy prawidłowej ocenie zgromadzonego materiału dowodowego ustalono, że skarżąca P. Sp. z o.o. świadomie korzystała z fikcyjnych faktur VAT, co wyklucza prawo do odliczenia podatku naliczonego. Decyzja organów podatkowych utrzymano w mocy z uwagi na brak rzeczywistości gospodarczej wykazywanych transakcji.

Odliczenie podatku naliczonego VAT wymaga ustalenia rzeczywistego wykonania usługi objętej fakturą przez jej wystawcę; nie spełnia tego warunku faktura wystawiona przez podmiot fikcyjny.

Po uchyleniu przez organ odwoławczy decyzji wymiarowej organ pierwszej instancji nie nabywa ponownie prawa do wydawania postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku, a zwrot taki musi zostać dokonany przed upływem terminu z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.

Wpłata na poczet zaległości podatkowych powinna być zaliczona na najstarsze zobowiązanie podatkowe, jeśli podatnik nie wskaże innego tytułu, niezależnie od rodzaju podatku.

Rekompensaty otrzymywane przez spółkę komunalną od jednostki samorządu terytorialnego, pokrywające koszty netto świadczenia usług publicznych, nie stanowią wynagrodzenia w rozumieniu VAT, jako że działalność ta nie ma charakteru gospodarczego.

Zadeklarowana przez podatnika podstawa opodatkowania podatkiem akcyzowym powinna być uznana za uzasadnioną, gdy odbiega od wartości rynkowej pojazdu z powodu jego specyficznych cech, takich jak kwalifikacja jako pojazd z odzysku. Organ podatkowy nie może zmieniać podstawy bez dostatecznego uzasadnienia i analizy dowodów.