Gmina M., realizując projekt z dofinansowaniem publicznym, nie prowadzi działalności gospodarczej, a dotacja nie stanowi podstawy opodatkowania VAT. Interpretacja indywidualna została uchylona w całości w celu zgodnego z prawem unijnym rozstrzygnięcia w ponownym postępowaniu.

Tylko formalne wykreślenie podatnika z rejestru VAT nie pozbawia nabytego prawa do zwrotu nadwyżki podatku, jeśli materialne warunki były spełnione. NSA podtrzymał, że brak rejestracji VAT nie może ograniczać prawa do odliczeń.

Wykreślenie podatnika z rejestru VAT nie pozbawia go prawa do odliczenia podatku naliczonego, jeśli spełnione są materialne warunki tego prawa. Odmowa zwrotu VAT w takiej sytuacji może nastąpić w drodze decyzji administracyjnej, mimo braku bezpośredniego przepisu.

Niedopuszczalne jest wydanie decyzji administracyjnej odmowy zwrotu nadwyżki VAT, gdyż brak konkretnej podstawy prawnej. Organ podatkowy winien wszcząć postępowanie podatkowe celem zbadania podstaw faktycznych do zwrotu w związku z art. 99 ust. 12 u.p.t.u.

Postępowanie karnoskarbowe mające na celu ustalenie faktu przestępstwa podatkowego, wszczęte przed upływem terminu przedawnienia, nie było instrumentalne, a faktury nie dokumentujące rzeczywistych usług nie mogą podstawą do obniżenia podatku naliczonego.

Przywrócenie zarejestrowania podatnika jako podatnika VAT czynnego na podstawie art. 96 ust. 9j ustawy o VAT wymaga wykazania, że prowadzone przez niego działania nie były realizowane z zamiarem wykorzystania działalności banków lub spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych do celów mających związek z wyłudzeniami skarbowymi, albo ujawnienia innych okoliczności lub dowodów wskazujących na brak

Sąd, uchylając decyzję o VAT, orzekł, że organy podatkowe nie mogą pomijać przedłożonego materiału dowodowego oraz muszą ocenić faktyczne wykorzystanie towarów lub usług dla celów opodatkowanych przy rozstrzyganiu o prawie do odliczenia podatku naliczonego.

Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną, uznając brak przesłanek do stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w zakresie podatku VAT, potwierdzając legalność doręczeń oraz brak rażących naruszeń materialnoprawnych.

Nieruchomość może być uznana za związaną z prowadzeniem działalności gospodarczej także wówczas, gdy nie jest aktualnie wykorzystywana do tej działalności, jeżeli pozostaje funkcjonalnie związana z przedsiębiorstwem i może być potencjalnie wykorzystana do realizacji celów gospodarczych przedsiębiorcy.