Art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej pozwala organowi podatkowemu zaliczać wpłaty dokonane przez podatnika na poczet zaległości podatkowych w przypadku ich posiadania, zgodnie z wskazaniem najwcześniejszego terminu płatności, przy zachowaniu możliwości wyboru rodzaju podatku przez podatnika.

Jeżeli podatnik posiada zaległości podatkowe, dokonana wpłata powinna być zaliczona na poczet zaległości o najwcześniejszym terminie płatności, a możliwości dyspozycyjne podatnika w zakresie wskazania tej wpłaty są ograniczone do wyboru rodzaju podatku, nie okresów rozliczeniowych.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że skarga kasacyjna M.G. jest bezzasadna. Sąd potwierdził, że zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązań podatkowych było prawidłowe, a transakcja dokumentowana fakturą VAT miała charakter fikcyjny, co uzasadniało odmowę odliczenia podatku naliczonego.

Gminie przysługuje częściowe prawo do odliczenia VAT naliczonego od wydatków na budowę infrastruktury przystankowej. Działanie w sferze imperium wyłącza pełne odliczenie; należy stosować przepisy dotyczące proporcjonalnego odliczenia.

Z chwilą wydania decyzji wymiarowej, kończącej postępowanie weryfikacyjne, organ traci uprawnienie do dalszego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki VAT, nawet po jej uchyleniu przez organ drugiej instancji.

Odliczenie podatku naliczonego VAT wymaga ustalenia rzeczywistego wykonania usługi objętej fakturą przez jej wystawcę; nie spełnia tego warunku faktura wystawiona przez podmiot fikcyjny.

Wydatek na wyjazd integracyjny pracowników i współpracowników, mający pośredni związek z opodatkowaną działalnością gospodarczą, może być podstawą do odliczenia podatku VAT, o ile służy celom zwiększenia efektywności i wzmocnienia relacji wewnątrz zespołów, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Po uchyleniu przez organ odwoławczy decyzji wymiarowej organ pierwszej instancji nie nabywa ponownie prawa do wydawania postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku, a zwrot taki musi zostać dokonany przed upływem terminu z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.

Zadeklarowana przez podatnika podstawa opodatkowania podatkiem akcyzowym powinna być uznana za uzasadnioną, gdy odbiega od wartości rynkowej pojazdu z powodu jego specyficznych cech, takich jak kwalifikacja jako pojazd z odzysku. Organ podatkowy nie może zmieniać podstawy bez dostatecznego uzasadnienia i analizy dowodów.

Faktury VAT uznane za puste wykluczają prawo do odliczenia podatku naliczonego z powodu ich nierzeczywistego charakteru, co zgodnie z art. 108 ust. 1 u.p.t.u. rodzi obowiązek zapłaty wykazanego w fakturach podatku. Zawieszenie terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych było uzasadnione ze względu na wszczęcie postępowania karnego.

Po uchyleniu decyzji wymiarowej przez organ odwoławczy, podatkowy organ I instancji nie nabywa wobec upływu terminu zwrotu podatku prawa do dalszego przedłużania tego terminu; naruszenie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. oraz zasady zaufania do organów skutkuje uchyleniem postanowień organów podatkowych.