W ramach karuzeli podatkowej fakt faktycznego przepływu towaru nie wyklucza możliwości uczestnictwa podatnika w oszustwie podatkowym, jeśli sposób przeprowadzania transakcji oraz okoliczności ich dokonywania są oderwane od normalnych warunków rynkowych i mają na celu osiągnięcie korzyści podatkowych w postaci nienależnego zwrotu podatku VAT.

W przypadku nabywanych towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów działalności gospodarczej, jak i innych celów, zasadne jest stosowanie metody proporcjonalnego odliczenia podatku naliczonego VAT, która najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej działalności gospodarczej i charakterowi dokonywanych nabyć, zgodnie z przepisami ustawy o VAT i właściwymi rozporządzeniami.

W przypadku poboru podatku niezgodnego z prawem Unii Europejskiej, obowiązuje zasada skuteczności, która wymaga modyfikacji procedury krajowej w taki sposób, aby zapewniała ona zwrot nadpłat podatku wraz z oprocentowaniem, nawet w sytuacjach, gdy krajowe regulacje tego nie przewidują, w celu realizacji zasady równoważności prawa unijnego.

Stosowanie preferencyjnej stawki podatku akcyzowego dla oleju opałowego wymaga od sprzedawcy nie tylko przyjęcia oświadczeń od nabywców o przeznaczeniu zakupionego produktu na cele opałowe, ale również należytego sprawdzenia wiarygodności tych oświadczeń oraz zastosowania odpowiednich procedur nadzorczych i kontrolnych, mających na celu zapewnienie, że olej faktycznie zostanie wykorzystany zgodnie

Postanowienie organu podatkowego o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym ma samodzielny byt prawny i jest wydawane w odrębnej sprawie niż ta, dotycząca prawa do zwrotu podatku, jego wysokości oraz statusu podatnika VAT; w przypadku weryfikacji przez sąd administracyjny takiego postanowienia, kontrola ogranicza się do oceny, czy wskazano w sposób należyty istnienie wątpliwości

Przepisy art. 70 § 7 pkt 4 i 5 O.p. należy rozumieć w ten sposób, że pierwszy z nich odnosi się do sytuacji, gdy została wydana decyzja na podstawie art. 33 § 2 O.p. i dopiero dalsze postępowanie toczyło się na podstawie przepisów ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, natomiast drugi z nich – do sytuacji, gdy całe postępowanie zabezpieczające toczyło się na podstawie ustawy o postępowaniu

W oparciu o art. 86 ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług, w sytuacji, gdy podatnik dokonuje zakupu towarów i usług, odliczenie podatku VAT naliczonego nie może być odmówione wyłącznie na podstawie domniemania uczestnictwa w oszustwie podatkowym bez jednoznacznych dowodów na brak dobrej wiary podatnika, zwłaszcza gdy podatnik przedstawi wystarczające dowody weryfikacji swoich kontrahentów

Zgodnie z art. 70 § 6 i art. 70 § 8 ordynacji podatkowej, wyłączenie przedawnienia niektórych rodzajów należności podatkowych na podstawie formy zabezpieczenia należności podatkowych nie narusza zasady równości, gdyż przedawnienie w prawie podatkowym nie jest konstytucyjnym prawem podmiotowym, a ustawodawca posiada pewną swobodę legislacyjną w zakresie regulowania biegu terminu przedawnienia.