Artykuły 116 i 116a Ordynacji podatkowej nie znajdują zastosowania do członków zarządu spółek zagranicznych, które nie posiadają oddziału na terytorium Polski, ponieważ przepisy te dotyczą podmiotów z osobowością prawną utworzonych zgodnie z polskim porządkiem prawnym, a nie zagranicznymi osobami prawnymi działającymi na podstawie prawa obcego.
W procesie kontroli celno-skarbowej organ podatkowy może zastosować zabezpieczenie przed ostatecznym określeniem wysokości zobowiązania podatkowego, o ile istnieją przesłanki do zaistnienia uzasadnionej obawy niewykonania zobowiązania. Uprawdopodobnienie przez organ, iż podatnik może nie wywiązać się z obowiązku podatkowego, wystarcza do zastosowania zabezpieczenia, bez potrzeby definitywnego dowodzenia
Decyzja o zastosowaniu zabezpieczenia wykonania zobowiązania podatkowego przed ostatecznym określeniem jego wysokości w toku kontroli celno-skarbowej jest zgodna z prawem, jeśli organ podatkowy uprawdopodobni istnienie 'uzasadnionej obawy' niewykonania tego zobowiązania przez podatnika, co nie wymaga udowodnienia pewności niewykonania zobowiązania, lecz jedynie wskazania na wysokie ryzyko takiego niewykonania
Nie stanowi przeszkody w zastosowaniu art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej fakt, że Skarb Państwa jest jedynym wierzycielem spółki. Przyjęcie, że członek zarządu zwolniony jest z obowiązku złożenia wniosku o ogłoszenie upadłości w sytuacji, gdy spółka zalega z płatnościami wyłącznie w odniesieniu do Skarbu Państwa, prowadziłoby do osłabienia funkcji gwarancyjnej odpowiedzialności osób trzecich.
Odpowiedzialność członków zarządu za zaległości podatkowe spółki jest solidarna i dotyczy całego ich majątku, o ile egzekucja z majątku spółki okazała się bezskuteczna. Niezbędnym warunkiem stwierdzenia takiej odpowiedzialności jest wykazanie istnienia przesłanek pozytywnych ustanowionych przez odpowiednie przepisy, natomiast wykazanie którychkolwiek z przesłanek negatywnych wyklucza możliwość orzeczenia
W ramach kontroli celno-skarbowej organ podatkowy może stosować zabezpieczenie zobowiązań podatkowych przed wydaniem decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, jeżeli istnieją przesłanki uprawdopodabniające ryzyko niewykonania przez podatnika zobowiązania podatkowego, nawet jeśli kontrola i decyzja o zabezpieczeniu mają miejsce jednocześnie.
Zabezpieczenie majątkowe stosowane przez organ podatkowy przed wydaniem decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego jest dopuszczalne, gdy na podstawie całości materiału dowodowego można uprawdopodobnić istnienie wysokiego ryzyka niewykonania przez podatnika zobowiązań podatkowych.
Możliwość stosowania zabezpieczenia zobowiązań podatkowych przed wydaniem decyzji określającej wysokość tych zobowiązań jest dopuszczalna w świetle prawa podatkowego i może być zastosowana na podstawie uprawdopodobnienia istnienia wysokiego ryzyka niewykonania zobowiązania podatkowego w przyszłości, nie wymagając przesłanek do ostatecznego określenia jego wysokości.
Decyzja o zabezpieczeniu wykonania zobowiązania podatkowego może być wydana przed określeniem wysokości tego zobowiązania i równocześnie z wszczęciem postępowania kontrolnego, jeśli organ podatkowy uprawdopodobni istnienie wysokiego ryzyka niewywiązania się podatnika z przyszłego zobowiązania.
W sytuacji, gdy podatnik dokonuje przedwczesnej zapłaty podatku VAT na podstawie niezgodnych z prawem Unii Europejskiej przepisów krajowych, taka przedwczesna zapłata kwalifikuje się jako nadpłata podlegająca oprocentowaniu. Przepisy prawa podatkowego nie przewidują pojęcia "przedwczesnej zapłaty podatku", a każda nienależna zapłata traktowana jest jako nadpłata, co uprawnia podatnika do oprocentowania
W postępowaniu dotyczącym interpretacji indywidualnej organ podatkowy jest związany opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego przedstawionym przez wnioskodawcę i tylko w takim zakresie interpretacja pełni funkcję ochronną. Organ interpretacyjny nie powinien kierować do wnioskodawcy pytań wykraczających poza zakres przedmiotowy wniosku, jaki został określony przez wnioskodawcę, ani też dążyć
W sytuacji, gdy podatnik uiścił podatek od towarów i usług przed terminem faktycznej płatności z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów (WNT) na podstawie przepisów krajowych, które zostały uznane za niezgodne z prawem unijnym, przysługuje mu prawo do oprocentowania tej kwoty. Decyzje organów podatkowych odmawiające takiego oprocentowania naruszają zasady skuteczności, lojalnej współpracy, zaufania
Nadpłata podatku nienależnie uiszczonego, w tym spowodowanego wadliwym unormowaniem krajowym sprzecznym z prawem Unii Europejskiej, podlega oprocentowaniu zgodnie z przepisami ogólnego prawa podatkowego. W przypadku wystąpienia luki prawnej w ustawie wynikającej z braku regulacji odnoszącej się do określonej sytuacji nadpłaty, zasadne jest zastosowanie analogii w celu zapewnienia oprocentowania nadpłaty
W postępowaniu o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązek wskazania klasyfikacji PKWiU usług spoczywa na organie podatkowym, gdy ustawa podatkowa opiera skutki opodatkowania na symbolach tej klasyfikacji, a wnioskodawca nie ograniczył pytania interpretacyjnego do kwestii klasyfikacyjnej.