Przedłużenie terminu zwrotu VAT powinno opierać się na uzasadnionych i istniejących w momencie wydania decyzji przesłankach. Organ podatkowy zobowiązany jest do przestrzegania zasad postępowania budzącego zaufanie i przekonywania, nie opierając się na dowodach pozyskanych post factum.

W przypadku zaliczenia wpłat na poczet zaległości podatkowych, organ nie jest zobowiązany do przeprowadzenia opinii biegłego, gdyż sposób zaliczenia wynika bezpośrednio z przepisów prawa podatkowego i nie wymaga wiedzy specjalistycznej.

Postanowienie o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowych, mające charakter deklaratoryjny, nie podlega ustaleniom co do istnienia zaległości; odmowa dowodu z biegłego w przypadku wiedzy powszechnej uznana za uzasadnioną.

Postanowienie organu o zaliczeniu wpłaty podatkowej ma charakter deklaratoryjny i odpowiada za rozliczenie zaległości z dniem dokonania wpłaty; podatnik nie może w jego ramach kwestionować istnienia zaległości podatkowej. Podnoszone zarzuty nie wykazały naruszenia prawa procesowego ani materialnego przez organ.

Zaliczenie wpłaty na poczet zaległości podatkowej według prawa podatkowego jest czynnością deklaratoryjną, a nie konstytutywną. W postępowaniach o zaliczenie wpłaty kwestionowanie istnienia zaległości nie jest możliwe; można jedynie kwestionować sposób zaliczenia.

Postanowienie o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowej ma charakter deklaratoryjny i wskazuje na dokonanie czynności rozliczeniowej. Podatnik może kwestionować sposób, ale nie istnienie zaległości podatkowych w tym trybie.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki VAT przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, bez dostatecznych przesłanek znanych w dacie decyzji, stanowiło rażące naruszenie zasady proporcjonalności i prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że odrzucenie wniosku o dowód z opinii biegłego było zasadne, gdyż sposób zaliczania wpłat na poczet zaległości podatkowych nie wymaga uzyskania opinii biegłego, a ocenie podlega sposób stosowania przepisów prawa podatkowego. Skarga kasacyjna została oddalona.