Nowe zasady przedawnienia zobowiązań podatkowych. Sejm przyjął ustawę deregulacyjną

15 maja 2026 r. Sejm uchwalił nowelizację Ordynacji podatkowej, która zmienia zasady przedawnienia zobowiązań podatkowych. Z Ordynacji podatkowej znikną przepisy pozwalające urzędnikom skarbowym zawiesić bieg przedawnienia podatkowego w sytuacji, gdy rozpocznie się postępowanie karne skarbowe.

Od wielu lat doradcy podatkowi zwracali uwagę na fakt, że urzędnicy fiskusa – tuż przed przedawnieniem zobowiązań podatkowych – nagminnie stosują wobec przedsiębiorców instrumentalne wszczęcie postępowania KKS. Zgodnie z obowiązującymi przepisami, rozpoczęcie takiego postępowania zawiesza bieg pięcioletniego przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej). Co więcej, z danych pozyskanych przez Krajową Izbę Doradców Podatkowych wynika, że większość postępowań KKS wszczętych została w ostatnich kilku miesiącach przed przedawnieniem – i z reguły nie wiązały się z nimi żadne dalsze czynności.

14 kwietnia 2025 roku w Naczelnym Sądzie Administracyjnym zapadł ważny wyrok w sprawie I FSK 1078/24 – dotyczącej zawieszenia biegu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Sąd oddalił kasację spółki (uznając, że mimo wadliwego uzasadnienia wyrok WSA odpowiada prawu) pozostawiając sprawę do kontynuowania przez organy podatkowe (wyrok WSA uchylał decyzję organu odwoławczego). Naczelny Sąd Administracyjny odwołał się przy tym do poglądów z wcześniejszych uchwał argumentując, że postanowienie o umorzeniu KKS w każdym przypadku powinno być przedmiotem oceny przy ustalaniu czy nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania, ponieważ nie może być ono pomijane przy ocenie tylko z tego powodu, że przepis art. 70 par 6 pkt 1 mówi o wszczęciu postępowania.

Naczelny Sąd Administracyjny po raz pierwszy od wielu lat skorzystał z możliwości wydania postanowienia sygnalizacyjnego i dostrzegł problem nadużywania przez organy skarbowe instrumentalnego wszczynania postępowań karnych skarbowych.

Jednocześnie planowane jest uchylenie art. 44 § 2 Kodeksu karnego skarbowego, który stanowi, że karalność przestępstw skarbowych ustaje także w przypadku przedawnienia samego zobowiązania podatkowego. Chodzi o oddzielenie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego od terminu przedawnienia karalności przestępstwa skarbowego.

Nowa przesłanka zawieszenia biegu terminu przedawnienia

Jednocześnie nowelizacja przewiduje wprowadzenie nowej przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia, związanej z postępowaniami dotyczącymi unikania opodatkowania. Zgodnie z nią bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpocznie się, a rozpoczęty ulegnie zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania podatkowego dotyczącego unikania opodatkowania, albo przejęcia takiego postępowania przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej.

Bieg terminu przedawnienia ma się rozpoczynać, a po zawieszeniu biec dalej, od dnia następującego po dniu doręczenia decyzji ostatecznej wydanej z zastosowaniem przepisów zawartych w klauzuli przeciwdziałania unikaniu opodatkowania w Ordynacji podatkowej lub tzw. środków ograniczających umowne korzyści. Bieg terminu przedawnienia ma się również rozpoczynać w dniu doręczenia decyzji ostatecznej albo postanowienia wydanego na podstawie przepisów Ordynacji dotyczących sytuacji, w której Szef Krajowej Administracji Skarbowej umarza postępowanie lub przekazuje sprawę właściwemu organowi podatkowemu.

Po zakończeniu postępowania, bieg terminu przedawnienia będzie liczony od dnia następującego po doręczeniu decyzji ostateczne albo postanowienia wydanego na podstawie art. 119k § 1 lub 1a o.p.

Nowa regulacja ma zapobiec przedawnieniu zobowiązań podatkowych w przypadku wszczęcia skomplikowanego i czasochłonnego postępowania dotyczącego unikania opodatkowania. Dotychczasowe przepisy nie przewidywały takiej ochrony, co mogło prowadzić do sytuacji, w których zobowiązania podatkowe przedawniały się zanim organy zdążyły zakończyć postępowanie.

Zmiana sposobu liczenia terminu przedawnienia w przypadku dochodów nieujawnionych

Nowela przewiduje także zmianę sposobu liczenia terminu przedawnienia prawa do wydania decyzji ustalającej zobowiązanie podatkowe z tytułu opodatkowania przychodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych. Zgodnie z tym rozwiązaniem, 5-letni termin przedawnienia prawa do wydania decyzji ustalającej zobowiązanie podatkowe z tytułu opodatkowania takich przychodów byłby liczony od końca roku kalendarzowego następującego po roku kalendarzowym, w którym powstał obowiązek podatkowy.

Zmiana zasad dotyczących zabezpieczeń - hipoteka i zastaw skarbowy

W ramach nowelizacji Ordynacji podatkowej MF proponuje uchylenie art. 70 § 8 o.p., który dotychczas przewidywał, że zobowiązania podatkowe zabezpieczone hipoteką lub zastawem skarbowym nie ulegają przedawnieniu. W miejsce dotychczasowej regulacji wprowadzona zostanie nowa instytucja zawieszenia biegu terminu przedawnienia, która ma zapewnić równowagę między interesem fiskusa a prawami podatnika.

Zawieszenie biegu terminu przedawnienia nastąpi z dniem wpisu hipoteki przymusowej lub zastawu skarbowego do odpowiedniego rejestru, pod warunkiem, że podatnik został o tym zawiadomiony. Zawieszenie nie będzie trwało bezterminowo – maksymalny okres zawieszenia wyniesie 5 lat od dnia wpisu zabezpieczenia. Po upływie tego okresu (lub wcześniej – w przypadku wykreślenia zabezpieczenia), bieg terminu przedawnienia będzie kontynuowany od dnia następującego po dniu wygaśnięcia lub wykreślenia hipoteki lub zastawu. W przypadku, gdy bieg terminu przedawnienia jeszcze się nie rozpoczął – jego rozpoczęcie również zostanie odroczone do momentu zakończenia zawieszenia.

Korekta wydłuży przedawnienie

Ustawa zakłada również wydłużenie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w sytuacji, gdy podatnik skoryguje deklarację w okresie 12 miesięcy przed upływem pierwotnego terminu przedawnienia. W takim przypadku termin ma być automatycznie przedłużony o kolejne 12 miesięcy. Oznacza to, że do 5 lat, o których mowa w art. 70 § 1 o.p., należy dodać 12 miesięcy, w wyniku czego wydłużony okres przedawnienia wyniesie 6 lat.

Pozwoli to na weryfikację rozliczenia przez US i wydanie decyzji wymiarowej w przypadku zakwestionowania korekty.

Rządowy projekt ustawy o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw »

Oprac. Katarzyna Bogucka

REDAKCJA INFORLEX