Sąd administracyjny kontroluje działalność administracji z punktu widzenia zgodności z prawem powszechnie obowiązującym. Badaniu podlega prawidłowość zastosowania przepisów prawa materialnego i procesowego w odniesieniu do istniejącego w sprawie stanu faktycznego oraz trafność wykładni tych przepisów.

Jeżeli w uzasadnionych przypadkach w czasie trwania postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty zostanie wszczęte postępowanie podatkowe, to, jak już wcześniej uzasadniono, przedmiot rozstrzygnięć tych postępowań będzie nietożsamy, natomiast rozstrzygnięcie dotyczące zobowiązania podatkowego powinno zostać uwzględnione w następnej w stosunku do niego decyzji w przedmiocie nadpłaty, ponieważ dotyczą