W przypadku nadpłaty podatkowej wynikającej z niezgodności przepisów krajowych z prawem UE, organ podatkowy zobowiązany jest do uwzględnienia wykładni prawa unijnego dokonanej przez TSUE przy rozpoznawaniu wniosków o stwierdzenie nadpłaty; brak działań państwa w kierunku dostosowania prawa krajowego do regulacji UE nie może obciążać podatnika.

Odsetki zasądzone za opóźnienie w zapłacie odszkodowania nie podlegają zwolnieniu podatkowemu przewidzianemu w art. 21 ust. 1 pkt 3b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ponieważ nie stanowią części odszkodowania i są traktowane jako odrębna podstawa opodatkowania.

Czynności sprawdzające obejmują nie tylko analizę formalną dokumentów, ale również ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami, zgodnie z art. 272 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Organ podatkowy jest uprawniony do żądania od podatnika przedstawienia dokumentów i złożenia wyjaśnień w ramach postępowania sprawdzającego.

Oszacowanie podstawy opodatkowania przez organy podatkowe może opierać się na danych z podmiotów prowadzących działalność w porównywalnych obszarach, nawet jeśli dane te dotyczą różnych sposobów prowadzenia działalności, o ile nie wpływa to istotnie na wysokość ustalanych narzutów dla celów podatkowych.

Organ podatkowy, działając na podstawie art. 169 § 1 Ordynacji podatkowej, zobowiązany jest wezwać wnoszącego podanie do usunięcia braków formalnych, pod rygorem pozostawienia podania bez rozpatrzenia. Przy ocenie wniosku o przywrócenie terminu, organ musi uwzględnić okoliczności wskazujące na brak winy w uchybieniu terminu, a w przypadku ich braku – wezwać stronę do przedłożenia stosownych dowodów