Organ podatkowy, przez swoje działanie lub zaniechanie, może przyczynić się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji dotyczącej zobowiązania podatkowego, nawet jeśli jest to przedawnienie. W takich przypadkach skarżącemu przysługuje oprocentowanie nadpłaty podatku od dnia dokonania wpłaty do dnia jej zwrotu, niezależnie od obiektywnego charakteru przesłanki przedawnienia.

W interpretacji przepisów prawa dotyczących działalności badawczo-rozwojowej i preferencyjnych ulg podatkowych, istotne jest, aby organ podatkowy w sposób spójny i logiczny uzasadniał swoje stanowisko, szczególnie w kontekście możliwości nabywania wyników prac badawczo-rozwojowych od innych podmiotów oraz oceny, w jaki sposób te działania wpisują się w definicję działalności badawczo-rozwojowej prowadzonej

Dobrowolne nieodpłatne umorzenie udziałów w spółce może stanowić transakcję kontrolowaną w rozumieniu art. 23m ust. 1 pkt 6 u.p.d.o.f., nawet jeśli jest to umorzenie dokonane na podstawie umowy spółki i za zgodą wspólnika, gdyż faktyczne powiązania między podmiotami mogą mieć wpływ na warunki umorzenia.

W sytuacji uchylenia decyzji organu podatkowego ze względu na przedawnienie zobowiązania podatkowego, podatnikowi przysługuje prawo do oprocentowania nadpłaty pod warunkiem wykazania, iż do przedawnienia przyczyniło się działanie lub zaniechanie organu podatkowego.

Pełnomocnictwo szczególne udzielone w postępowaniu podatkowym nie wywiera skutku w procesie przed organem odwoławczym, gdy jego zakres został jednoznacznie ograniczony do postępowania przed organem pierwszej instancji, a więc każde odwołanie wymagające reprezentacji w postępowaniu odwoławczym powinno być oparte na nowym pełnomocnictwie lub podjęte osobiście przez stronę.

Dla uwolnienia się członka zarządu od odpowiedzialności za zobowiązania spółki nie ma zasadniczego znaczenia kwestia istnienia jednego wierzyciela. Nawet w przypadku, gdy jedynym wierzycielem spółki kapitałowej jest Skarb Państwa lub ZUS, nie można przyjąć, że członkowie jej zarządu nie mają z tego powodu obowiązku zgłaszać wniosku o ogłoszenie upadłości w ramach przesłanek egzoneracyjnych.

Hipoteza przepisu art. 116 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej opiera się na założeniu, że po bezskutecznej egzekucji przeciwko spółce, a następnie konstytutywnym (w drodze decyzji administracyjnej) przeniesieniu odpowiedzialności na członka zarządu, może dojść do faktycznego "wykrycia" mienia dłużnika, jednakże nie można mówić o "wykryciu" mienia, jeśli było ono wcześniej znane organowi i co więcej, były

Uchylenie decyzji podatkowej z powodu przedawnienia zobowiązania podatkowego wymaga oceny, czy organ podatkowy przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji na podstawie całokształtu działań lub zaniechań, które mogły mieć wpływ na upływ terminu przedawnienia przed rozstrzygnięciem odwołania.