Organ podatkowy, działając na podstawie art. 169 § 1 Ordynacji podatkowej, zobowiązany jest wezwać wnoszącego podanie do usunięcia braków formalnych, pod rygorem pozostawienia podania bez rozpatrzenia. Przy ocenie wniosku o przywrócenie terminu, organ musi uwzględnić okoliczności wskazujące na brak winy w uchybieniu terminu, a w przypadku ich braku – wezwać stronę do przedłożenia stosownych dowodów

W przypadku nadpłaty podatkowej wynikającej z niezgodności przepisów krajowych z prawem UE, organ podatkowy zobowiązany jest do uwzględnienia wykładni prawa unijnego dokonanej przez TSUE przy rozpoznawaniu wniosków o stwierdzenie nadpłaty; brak działań państwa w kierunku dostosowania prawa krajowego do regulacji UE nie może obciążać podatnika.

Przepisy prawa podatkowego i ustawy o wspieraniu nowych inwestycji nie wymagają prowadzenia przez przedsiębiorcę odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i decyzji o wsparciu, a pomoc publiczną należy wykorzystywać sekwencyjnie według kolejności wydania zezwoleń i decyzji, co umożliwia prowadzenie jednej łącznej ewidencji dla różnych rodzajów zezwoleń i wsparcia

Oszacowanie podstawy opodatkowania przez organy podatkowe może opierać się na danych z podmiotów prowadzących działalność w porównywalnych obszarach, nawet jeśli dane te dotyczą różnych sposobów prowadzenia działalności, o ile nie wpływa to istotnie na wysokość ustalanych narzutów dla celów podatkowych.