Udostępnienie infrastruktury bocznic kolejowych przewoźnikom kolejowym spełnia przesłanki zwolnienia podatkowego na mocy art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych; środek taki nie wymaga notyfikacji KE jako pomoc publiczna.

W sytuacji, gdy pomiędzy podmiotami powiązanymi zawarte są transakcje dotyczące nieruchomości niematerialnych, stosowanie przepisów dotyczących oszacowania dochodu w ścisłym związku z art. 11 u.p.d.o.p. w brzmieniu z 2016 r. wymaga wykazania, że ceny odbiegają od rynkowych, bez możliwości recharakteryzacji faktycznych czynności prawnych.

Wydatki udokumentowane fakturami poświadczającymi nieprawdę, a więc odnoszące się do czynności pozornych, nie mogą stanowić kosztów uzyskania przychodu w rozumieniu art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Nie każdy wydatek udokumentowany fakturą może zostać uznany za koszt uzyskania przychodu — konieczne jest, by miał on rzeczywisty, gospodarczo uzasadniony związek z prowadzoną działalnością i został faktycznie poniesiony w celu osiągnięcia przychodu.

Spółka komandytowa, wypłacając w ciągu roku podatkowego zaliczki na poczet zysków komplementariuszowi, nie jest płatnikiem zryczałtowanego podatku dochodowego, gdyż podatek ten obliczany jest wyłącznie od faktycznych zysków osiągniętych po zakończeniu roku podatkowego.

Zwolnienie z podatku od nieruchomości, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., obejmuje całe działki ewidencyjne zawierające infrastrukturę kolejową udostępnianą przewoźnikom kolejowym, niezależnie od ich częściowego zajęcia przez omawianą infrastrukturę.

Podstawą opodatkowania podatkiem od nieruchomości jest powierzchnia użytkowa budynku, wskazana w ewidencji gruntów, jeżeli nie ma dowodów jej sprzeczności z przepisami podatkowymi; możliwe jest weryfikowanie takich danych przy podważeniu ich zgodności z przepisami ustawy podatkowej.

Podatnicy mają prawo retrospektywnie zmieniać stawki amortyzacyjne w podatku dochodowym od osób prawnych, w zakresie nierozliczonych zobowiązań podatkowych, gdyż art. 16i ust. 5 u.p.d.o.p. nie wyklucza takich działań, o ile nie doszło do przedawnienia.

Wydatek może zostać uznany za koszt uzyskania przychodów wyłącznie wtedy, gdy jest poniesiony w sposób rzeczywisty, pozostaje w związku z prowadzoną działalnością i jest prawidłowo udokumentowany; faktura nieodzwierciedlająca rzeczywistej transakcji nie może stanowić podstawy zaliczenia wydatku do kosztów podatkowych.

Zwolnienie od podatku od nieruchomości, jak określono w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., obejmuje całe działki ewidencyjne w przypadku faktycznego udostępnienia infrastruktury kolejowej przewoźnikom, niezależnie od jej statusu własnościowego.

Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną, zgadzając się z oceną sądu i organu podatkowego, że czynności rozliczeniowe Spółki miały charakter pozorny, co uzasadniało wywodzenie skutków podatkowych z czynności ukrytych zgodnie z art. 199a § 2 Ordynacji podatkowej.

NSA oddalił skargę kasacyjną, uznając za dopuszczalne korygowanie podstawy opodatkowania akcyzą w związku z późniejszymi rabatami przewidzianymi w umowie, co nie narusza zasady jednofazowości podatku akcyzowego.

Dopuszczalne jest uwzględnienie rabatów cenowych w korekcie podstawy opodatkowania podatkiem akcyzowym, jeżeli zostały przewidziane w umowie przed powstaniem obowiązku podatkowego, nawet jeśli rabat jest przyznawany po tej dacie.

Zwolnienie z podatku od nieruchomości przysługujące infrastrukturze kolejowej udostępnianej przewoźnikom nie stanowi "pomocy państwa" w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, nie przyznaje selektywnej korzyści, a tym samym nie wymaga notyfikacji Komisji Europejskiej.