Nadpłata powstała w wyniku błędnej interpretacji a termin złożenia wniosku o jej zwrot – wyrok NSA

Prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest ograniczone czasowo. Wniosek o stwierdzenie nadpłaty można złożyć nie później niż do dnia upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Przywrócenie tego terminu nie jest możliwe, nawet w przypadku gdy nadpłata powstała z powodu wadliwej interpretacji organu podatkowego, zaskarżonej do sądu i uchylonej po wyroku sądu administracyjnego – wyrok NSA z 8 stycznia 2026 r. (sygn. akt I FSK 240/23).

Stan faktyczny

Sprawa dotyczyła spółki z siedzibą na Malcie, która za pośrednictwem strony internetowej świadczyła usługi organizacji zakładów wzajemnych na rzecz klientów z państw europejskich, w tym z Polski. Spółka rozliczała od tych usług VAT w Polsce za pośrednictwem procedury MOSS (Mini One Stop Shop), stosując stawkę 23%.

W 2017 r. spółka uzyskała interpretację indywidualną, w której Dyrektor KIS uznał, że świadczone przez nią usługi nie korzystają ze zwolnienia z VAT. Spółka zaskarżyła tę interpretację. WSA w Warszawie wyrokiem z 6 czerwca 2018 r. (sygn. akt III SA/Wa 2487/17) uchylił ją, a NSA wyrokiem z 15 lipca 2021 r. (sygn. akt I FSK 2102/18) oddalił skargę kasacyjną organu.

Po prawomocnym zakończeniu tego postępowania spółka 31 grudnia 2021 r. wystąpiła o stwierdzenie i zwrot nadpłaty VAT, obejmującej m.in. I, II i III kwartał 2015 r. Argumentowała, że podatek został zapłacony nienależnie, a wcześniejsze niewystąpienie o nadpłatę było związane z niekorzystną interpretacją podatkową.

Problem polegał na tym, że zobowiązania podatkowe za te okresy przedawniły się 31 grudnia 2020 r., a więc przed prawomocnym zakończeniem sporu dotyczącego interpretacji.

Stanowisko organu podatkowego

Organy podatkowe odmówiły wszczęcia postępowania w zakresie nadpłaty dotyczącej I, II i III kwartału 2015 r.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wskazał, że zgodnie z art. 79 § 2 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (dalej: Ordynacja podatkowa) prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o jej zwrot wygasa z upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Ponieważ termin przedawnienia upłynął 31 grudnia 2020 r., wniosek złożony 31 grudnia 2021 r. był spóźniony. Zdaniem organu wniesienie skargi na interpretację indywidualną ani oczekiwanie na prawomocne zakończenie postępowania sądowego nie wstrzymuje i nie przedłuża terminu przedawnienia. W konsekwencji zastosowano art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej i odmówiono wszczęcia postępowania.

Stanowisko WSA

WSA w Łodzi wyrokiem z 25 października 2022 r. (sygn. akt I SA/Łd 569/22) oddalił skargę spółki. Wskazał, że interpretacja indywidualna ma inny charakter niż decyzja podatkowa. Nie kształtuje bezpośrednio zobowiązania podatkowego i nie pozbawia podatnika możliwości podjęcia działań zmierzających do odzyskania nadpłaconego podatku. Sąd podkreślił również, że zasada nieszkodzenia wynikająca z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej nie może prowadzić do pominięcia przepisów o przedawnieniu. Złożenie skargi na interpretację nie ograniczało możliwości złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty przed upływem terminu przedawnienia.

Stanowisko NSA

Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną spółki. Wskazał, że art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej jednoznacznie wyznacza granicę czasową dla złożenia wniosku o stwierdzenie lub zwrot nadpłaty. Jest nią upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Termin ten ma charakter materialnoprawny i prekluzyjny. Jego upływ powoduje definitywne wygaśnięcie prawa podatnika do skutecznego wystąpienia o stwierdzenie nadpłaty.

NSA nie podzielił argumentacji, że zastosowanie zasady nieszkodzenia wynikającej z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej powinno umożliwiać złożenie wniosku również po przedawnieniu. Zdaniem sądu ochrona wynikająca z interpretacji nie może prowadzić do uchylenia skutków przedawnienia, ponieważ oznaczałoby to działanie wbrew jednoznacznej treści art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej.

NSA stwierdził, że po upływie okresu przedawnienia nie ma możliwości ponownego kształtowania wysokości zobowiązania podatkowego, niezależnie od tego, czy byłoby to korzystne dla organu, czy dla podatnika. Zaskarżenie interpretacji, a następnie jej prawomocne uchylenie, nie wpływa więc na termin złożenia wniosku o nadpłatę.

Co istotne, NSA zwrócił uwagę, że toczące się postępowanie sądowoadministracyjne dotyczące interpretacji nie uniemożliwia podatnikowi równoległego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Podatnik powinien zatem zabezpieczyć swoje prawa przed upływem terminu wynikającego z art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej.

Od redakcji

Wyrok ma istotne znaczenie praktyczne dla podatników prowadzących wieloletnie spory dotyczące interpretacji indywidualnych.

Samo zakwestionowanie niekorzystnej interpretacji i oczekiwanie na prawomocny wyrok sądu nie zabezpiecza prawa do odzyskania podatku. Jeżeli w czasie trwania postępowania sądowego zbliża się termin przedawnienia zobowiązania, podatnik powinien rozważyć złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty jeszcze przed jego upływem.

Późniejsze prawomocne uchylenie interpretacji nie powoduje bowiem „odżycia” wygasłego prawa do żądania nadpłaty. Nie rozpoczyna również nowego terminu na wystąpienie z takim wnioskiem.

W praktyce oznacza to konieczność równoległego kontrolowania dwóch terminów – postępowania dotyczącego interpretacji oraz terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wygranie sporu interpretacyjnego może okazać się niewystarczające, jeżeli podatnik wcześniej dopuści do wygaśnięcia prawa do złożenia wniosku o nadpłatę.

Rafał Styczyński

prawnik, doradca podatkowy, autor licznych publikacji podatkowych

Treści dostępne dla abonentów IFK Platformy Księgowych i Kadrowych

Już dziś zamów dostęp
do IFK Platforma Księgowych i Kadrowych

• Codzienne aktualności prawne
• Porady i artykuły z najpopularniejszych czasopism INFOR wraz z bieżącymi wydaniami
• Bogatą bibliotekę materiałów wideo
• Merytoryczne dodatki, ściągi, plakaty

Zamów teraz Masz już konto? Zaloguj się