Archiwizowanie dokumentów księgowych, w tym faktur, wyłącznie w formie elektronicznej jest dozwolone pod warunkiem zapewnienia autentyczności, integralności i czytelności. Uprawnienie do odliczenia VAT jest ograniczone do elektronicznie przechowywanych faktur, które spełniają wymogi ustawy i nie obejmuje innych dokumentów nieuznawanych za faktury zgodnie z ustawą o VAT.

Przechowywanie dokumentów księgowych w formie elektronicznej, z zachowaniem zasad integralności, autentyczności i czytelności, jest dopuszczalne bez papierowych kopii. Prawo do odliczenia VAT uzależnione jest od spełnienia warunków zarówno przez dokumenty, jak i przez transakcje, których dotyczą.

Podatnik mający siedzibę działalności gospodarczej poza Polską, który nie posiada stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce ze względu na wynajem infrastruktury i usług na warunkach typowej współpracy i braku decyzyjności lokalnej, nie jest zobowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych przez KSeF zgodnie z art. 106ga ustawy o VAT.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.

Kosztami uzyskania przychodów mogą być wydatki dokumentowane fakturami wystawionymi bez użycia KSeF, o ile spełniają definicję z art. 15 ust. 1 Ustawy CIT, a w szczególności są związane z przychodami oraz właściwie udokumentowane, niezależnie od formy wystawionych faktur.

GmbH nie posiada w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej, co znosi obowiązki dotyczące KSeF; Retrofit stanowi świadczenie kompleksowe, opodatkowane według zasad odwrotnego obciążenia.

Nietransakcyjna wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów podlega obowiązkowi wystawiania faktur ustrukturyzowanych za pomocą Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF), a dokumentowanie za pomocą faktur pro forma jest niezgodne z wymogami ustawy o VAT.

W przypadku pomyłki w numerze NIP kontrahenta, podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej „do zera” i nowej faktury z poprawnym NIP; te dokumenty powinny być ujęte w ewidencji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy dla pierwotnej faktury, uwzględniając ograniczenia KSeF.

Faktury zakupowe wystawione poza Krajowym Systemem e-Faktur (KSeF), które spełniają wymogi dla faktur zwykłych, umożliwiają zaliczenie udokumentowanych nimi wydatków do kosztów uzyskania przychodów, zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, nawet mimo obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF.

Jeżeli faktura ustrukturyzowana zawiera błędny numer NIP, konieczne jest wystawienie faktury korygującej do zera oraz nowej faktury z prawidłowym NIP. Rozliczenie powinno nastąpić w okresie obowiązkowego podatkowego faktury pierwotnej.

Dopuszcza się zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów wydatków udokumentowanych fakturami wystawionymi poza KSeF, o ile spełniają przesłanki art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, nawet jeśli zostaną później zgłoszone do KSeF.

Wydatki udokumentowane fakturami zakupowymi wystawionymi bez użycia KSeF, mimo takiego obowiązku, mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 Ustawy CIT, o ile faktury te spełniają wymogi dokumentacyjne i materialne uznania wydatku za koszt podatkowy.

Otrzymanie faktury VAT wystawionej poza KSeF nie pozbawia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego, pod warunkiem spełnienia przesłanek materialnych, a przesłanie faktury ponownie przez KSeF nie wymaga korekty JPK_V7M.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF przez podatników zobowiązanych do korzystania z KSeF, o ile faktura dokumentuje rzeczywistą transakcję. Nie istnieje obowiązek korekty JPK_V7M, jeżeli faktura pierwotnie wystawiona poza KSeF zostanie później przesłana jako ustrukturyzowana za pośrednictwem KSeF.

Podatnik ma prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur wystawionych poza Krajowym Systemem e-Faktur, jeżeli spełnione są wszystkie przesłanki materialne wynikające z przepisów o VAT, a późniejsze wystawienie faktury w KSeF nie obliguje do korekty struktury JPK_V7M.

Czynnym podatnikom VAT przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur VAT wystawionych niezgodnie z obowiązkiem użycia Krajowego Systemu e-Faktur, o ile spełnione są pozostałe przesłanki odliczenia, bez potrzeby korygowania struktury JPK_V7M przy ponownym otrzymaniu faktury ustrukturyzowanej.

Wydatki udokumentowane fakturami zakupowymi wystawionymi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur mogą zostać zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, jeżeli spełniają kryteria z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, w tym związek z przychodem, udokumentowanie i brak wyłączenia przepisami podatkowymi.

W przypadku sprzedaży usług zwolnionych z VAT, podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury, w tym faktury ustrukturyzowanej w KSeF, o ile odbiorca usługi nie zażąda jej w terminie 3 miesięcy od końca miesiąca, w którym wykonano usługę.

Faktura wystawiona poza KSeF, która dokumentuje rzeczywiste zdarzenia gospodarcze, spełnia wymogi formalne oraz nie podlega wyłączeniom art. 16 ustawy CIT, może stanowić podstawę do zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów.

Faktura wystawiona poza KSeF, ale spełniająca formalnoprawne wymogi, może być uznana za dowód potwierdzający koszt uzyskania przychodu na gruncie ustawy o CIT, o ile dokumentuje rzeczywiste zdarzenie gospodarcze.

Nieprzestrzeganie obowiązku wystawienia faktury przez KSeF nie eliminuje możliwości uznania jej za dowód księgowy na potrzeby zaliczenia wydatku do kosztów uzyskania przychodów w CIT, o ile spełnia inne formalne przesłanki określone przez ustawę o CIT.

Podatnikowi, który otrzymał faktury zakupowe wystawione poza KSeF, przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego na podstawie tych faktur, o ile spełnione są pozostałe warunki odliczenia, a brak jest wymogu korekty JPK_V7M w przypadku późniejszego przesłania faktury przez KSeF.

Faktury Zakupowe wystawione wbrew obowiązkowi KSeF mogą zostać uznane za prawidłowy dowód księgowy i stanowić podstawę do uznania kosztu uzyskania przychodu w podatku dochodowym od osób prawnych, pod warunkiem spełnienia przesłanek art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.

Wydatki spełniające definicję kosztów uzyskania przychodów, udokumentowane fakturami wystawionymi poza KSeF, mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów na gruncie CIT, pod warunkiem spełnienia wszystkich innych przesłanek podatkowych, niezależnie od naruszenia obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF.