Rekompensata otrzymywana przez spółkę od gminy za wykonywanie zadań w zakresie przewozu osób nie stanowi podstawy opodatkowania VAT, ponieważ nie jest związana bezpośrednio z ceną usług. Spółka nie ma obowiązku wystawiania faktur VAT, lecz możliwe jest dokumentowanie rekompensaty notą księgową.

Zryczałtowana rekompensata, przyznawana operatorowi publicznego transportu zbiorowego na podstawie wozokilometrów, służąca pokryciu strat bez bezpośredniego wpływu na cenę usługi, nie stanowi obrotu opodatkowanego VAT, a tym samym nie wymaga wystawienia faktury VAT.