Dla zastosowania stawki 0% VAT przy wewnątrzwspólnotowej dostawie towarów wystarczające jest posiadanie dokumentów, które łącznie potwierdzają wywóz towarów z kraju i ich dostarczenie do nabywcy w innym państwie członkowskim UE. Może to obejmować korespondencję elektroniczną, potwierdzenie zapłaty, oraz dokumenty w ramach samofakturowania.

Odliczenie podatku naliczonego jest możliwe wyłącznie z faktur w rozumieniu ustawy o VAT, które są przechowywane elektronicznie z zachowaniem autentyczności, integralności i czytelności. Dokumenty inne niż faktury mogą wspierać rozliczenia, lecz nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego.

Podatnicy dokonujący samofakturowania dla dostawców zarejestrowanych do VAT w Polsce, lecz bez stałej siedziby, nie są zobowiązani do wystawiania faktur przez KSeF, chyba że uzyskają autoryzację i uprawnienia od zagranicznego dostawcy zgodnie z art. 106ga ust. 4 ustawy o VAT.

Spółka jako nabywca podejmująca czynność samofakturowania na rzecz dostawców nie jest zobowiązana do wykazywania faktur w JPK_FA, ponieważ zgodnie z przepisami oraz poglądami sądowymi, JPK_FA obejmuje jedynie faktury sprzedaży podatnika będącego dostawcą towarów lub usług.