Czy kwota wpłacona zleceniodawcy tytułem zabezpieczenia należytego wykonania umowy stanowi koszt uzyskania przychodu w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą?

Czy otrzymanie zaliczki na poczet wewnątrzwspólnotowej dostawy, w przypadku jeżeli spółka nie przedstawiła w urzędzie skarbowym zabezpieczenia majątkowego kwoty zwrotu różnicy podatku, spowoduje obowiązek podatowy w podatku VAT oraz obowiązek wystawienia faktury VAT na kwotę otrzymanej zaliczki ?