Wynagrodzenie za reorganizację oraz przychody z likwidacji środków trwałych są opodatkowane na zasadach ogólnych, nie korzystając ze zwolnienia SSE. Koszty reorganizacji stanowiące koszty uzyskania przychodu nie są związane bezpośrednio z wynagrodzeniem za reorganizację, natomiast koszty likwidacji środków trwałych mogą być uznawane za koszty podatkowe w braku zmiany rodzaju działalności.

Wymiana udziałów, w której część wnoszonych udziałów spółki została objęta na skutek podziału, nie spełnia warunków neutralności podatkowej, zgodnie z art. 12 ust. 4d w zw. z art. 12 ust. 11 Ustawy o CIT, odnosząc się do niezgodności z Dyrektywą 2009/133/WE oraz jej implementacją w prawie krajowym. Z kolei wymiana 'starych' udziałów pozostaje neutralna podatkowo.

Planowana wymiana udziałów, polegająca na wniesieniu "starych" oraz "nowych" udziałów w F. do B., nie stanowi wymiany neutralnej podatkowo zgodnie z art. 12 ust. 4d ustawy o CIT. Transakcja w zakresie "nowych" udziałów podlega skutkom opodatkowania na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 8bb i 8bc ustawy o CIT.

Reorganizacja Grupy VAT poprzez likwidację jednego z członków skutkuje naruszeniem art. 15a ust. 9 ustawy o VAT i utratą statusu podatnika przez Grupę VAT. Ponadto Grupa VAT, nie posiadając w pierwszym roku realnych danych, jest zobowiązana do szacunkowego ustalenia proporcji i zawiadomienia naczelnika urzędu skarbowego, jeśli dane te są niereprezentatywne.