Wzajemne rozliczenia salda pomiędzy franczyzodawcą a franczyzobiorcą związane z programem lojalnościowym nie stanowią odpłatnej dostawy towarów ani świadczenia usług i pozostają poza zakresem opodatkowania VAT. Podstawa opodatkowania VAT przy sprzedaży z rabatem wynosi 1 gr i odpowiada faktycznej zapłacie dokonanej przez Klienta.

Opłaty marketingowe ponoszone przez podatnika w ramach prowadzonej działalności gospodarczej mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, jeżeli są związane z celowym działaniem mającym promować działalność i zwiększać przychody. Warunkiem jest ich prawidłowe udokumentowanie oraz brak wyłączenia z kosztów podatkowych na podstawie art. 23 ust. 1 ustawy PIT.

Franczyzobiorca, prowadzący działalność gospodarczą we własnym imieniu i na własny rachunek, nabywa prawo do rozporządzania towarami jak właściciel. Jest zatem zobowiązany do wykazywania podatku VAT należnego oraz uwzględniania faktur korygujących rabaty zakupowe zgodnie z ewidencją i deklaracjami podatkowymi.