Prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest ograniczone czasowo. Wniosek o stwierdzenie nadpłaty można złożyć nie później niż do dnia upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Przywrócenie tego terminu nie jest możliwe, nawet w przypadku gdy nadpłata powstała z powodu wadliwej interpretacji organu podatkowego, zaskarżonej do sądu i uchylonej po wyroku sądu administracyjnego

Jeżeli w odniesieniu do danego zobowiązania podatkowego organ podatkowy wydał decyzję wymiarową, to podatnik nie może skutecznie złożyć wniosku o stwierdzenie nadpłaty tego podatku (wyrok NSA z 23 kwietnia 2024 r., sygn. akt II FSK 1951/23).