W praktyce odliczenie nadpłaconego wynagrodzenia za pracę należy odróżnić od potrąceń z wynagrodzenia za pracę. Mimo że w następstwie zarówno odliczenia, jak i potrącenia z wynagrodzenia dochodzi do pomniejszenia wypłaty należnej pracownikowi, to jednak odliczenie nadpłaconego wynagrodzenia jest dokonywane na innych zasadach niż potrącenia.

Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością rozpoczęła prowadzenie działalności handlowej. W związku z tym poczyniła duże nakłady inwestycyjne, co wiąże się również z uzyskiwaniem sporych kwot zwrotu podatku naliczonego. Jednocześnie spółka jako płatnik zobowiązana jest do odprowadzania zaliczek na podatek dochodowy zatrudnionych pracowników. W związku z tym pojawiła się koncepcja zaliczania zwrotu VAT