Jawność wynagrodzeń dotyka kwestii związanych z ochroną danych osobowych pracowników. Informacje o wynagrodzeniu oraz inne dane konieczne do analizy przejrzystości wynagrodzeń w organizacji są bowiem danymi osobowymi. Pracodawcy, przygotowując się do wdrożenia w firmie nowych wymagań dotyczących jawności wynagrodzeń, powinni zatem pamiętać o zasadach ochrony danych osobowych i spełnieniu określonych

Pracodawca może zostać skontrolowany w zakresie przestrzegania przepisów prawa pracy i ubezpieczeń społecznych przez różne organy kontrolne. Najczęściej będzie kontrolowany przez PIP w zakresie stosowania regulacji bhp i prawa pracy oraz przez ZUS w kwestii przestrzegania przepisów dotyczących ubezpieczeń społecznych.

Ogólne rozporządzenie o ochronie danych (RODO) wprowadziło zupełnie nowe podejście do problematyki ochrony danych osobowych. Wraz z wejściem w życie rozporządzenia to administratorzy-pracodawcy stali się odpowiedzialni za prowadzenie procesów przetwarzania danych w taki sposób, aby zapewnić im optymalny poziom bezpieczeństwa. W związku z tym niezbędna jest regularna weryfikacja funkcjonujących w organizacji

Wykorzystywanie odcisku palca lub skanu siatkówki oka do ewidencjonowania czasu pracy albo sprawdzania obecności pracownika jest zabronione. Nie mieści się bowiem w dozwolonych warunkach przetwarzania danych biometrycznych. Za naruszenie tego zakazu grożą kary pieniężne w wysokości nawet do 20 000 000 euro lub 4% przychodów przedsiębiorstwa.