Środki transportu wynajmowane przez spółkę od kontrahentów duńskich uznaje się za "urządzenia przemysłowe" w myśl art. 21 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT. Tym samym spółka jest zobowiązana do poboru zryczałtowanego podatku dochodowego u źródła od należności z tytułu najmu tych urządzeń.

W przypadku umowy leasingu finansowego samochodu osobowego wykorzystywanego do celów mieszanych, opłaty wprowadzone w wartość początkową środka trwałego i rozliczane przez odpisy amortyzacyjne, nie wpływają na dochód opodatkowany ryczałtem od dochodów spółek; opodatkowanie obejmuje 50% odpisów amortyzacyjnych oraz części odsetkowej rat leasingowych.

Dzierżawa i użyczenie nieruchomości przez udziałowca do spółki, realizowane na zasadach rynkowych, nie stanowią ukrytego zysku w rozumieniu art. 28m ust. 3 ustawy o CIT. Inwestycje spółki w ETF i ETC nie wykluczają jej z możliwości opodatkowania CIT estońskim.

Zwrot kosztów dojazdu lekarzy weterynarii do miejscowości innej niż siedziba pracodawcy jest zwolniony z opodatkowania, pod warunkiem spełnienia limitów ustawowych, natomiast zwrot kosztów za jazdy lokalne jest opodatkowany.

Usługi wynajmu miejsc postojowych uznane są za usługi parkingowe, co skutkuje brakiem prawa do zwolnienia z ewidencjonowania przy użyciu kas rejestrujących, z wyjątkiem okresu do końca marca 2026, uwzględniając przepisy przejściowe rozporządzenia z dnia 17 grudnia 2024 r.

Nabycie jednostek uczestnictwa funduszy inwestycyjnych we własnym imieniu, choć na rachunek osoby trzeciej, stanowi posiadanie tytułów uczestnictwa w rozumieniu art. 28j ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT, skutkującym utratą prawa do opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.

Pożyczka udzielona w czasie obowiązywania estońskiego CIT, choć finansowana z wcześniejszych zysków, stanowi ukryty zysk dla celów opodatkowania ryczałtem. Natomiast zwrot kapitału pożyczki i zapłaconych odsetek nie generują takiego dochodu.

Transakcja zbycia nieruchomości, w tym prawa użytkowania wieczystego gruntu wraz z budynkiem i budowlami, nie podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, jeśli strony dokonają wyboru opodatkowania VAT, zgodnie z art. 2 pkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, przy zachowaniu wymogów zawartych w ustawie o podatku od towarów i usług.