Wynagrodzenie chorobowe i zasiłki finansowane z Funduszu Ubezpieczeń Społecznych, których płatnikiem jest pracodawca lub zleceniodawca, należy rozliczać w zakresie składek i podatku według różnych zasad. Istotna jest przy tym metoda obniżania zaliczki na podatek o składkę zdrowotną. Obniżenia dokonuje się bowiem do wysokości podatku naliczonego od świadczenia, od którego należna była składka zdrowotna

Zaczął się okres wzmożonych absencji chorobowych. W praktyce pracownicy często dostarczają zwolnienia z opóźnieniem, przez co przesuwa się termin wypłaty świadczeń. Powstaje wówczas nadpłata wynagrodzenia i składek. Choroba pracownika może ponadto powodować konieczność obniżenia składki na ubezpieczenie zdrowotne do wysokości zaliczki na podatek. Te i inne okoliczności są częstym powodem problemów