W przypadku zaliczenia nadpłaty podatku na poczet zaległości podatkowych przez organ podatkowy, działanie takie jest regulowane odpowiednimi przepisami prawa podatkowego, w tym art. 76 § 1 i § 4, art. 76a, art. 55 § 2 i art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej, i nie wymaga zgody ani uznania podatnika. Postanowienie w sprawie zaliczenia nadpłaty pełni funkcję potwierdzenia wykonania czynności rachunkowo-technicznej

Decyzja organu administracji powinna być oparta na rzetelnym i kompletnym materiale dowodowym, a brak odpowiedniego ustalenia kręgu osób zobowiązanych do płatności i szczegółowej oceny sytuacji materialnej może prowadzić do uchylenia decyzji na podstawie art. 138 § 2 k.p.a.

Zgodnie z art. 116 § 2 Ordynacji podatkowej, odpowiedzialność członków zarządu obejmuje zaległości podatkowe z tytułu zobowiązań, których termin płatności upływał w czasie pełnienia przez nich obowiązków członka zarządu. Przepis ten jednoznacznie wiąże odpowiedzialność z momentem powstania zobowiązania podatkowego z mocy prawa, a nie z datą wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania w wysokości