Decyzje organów podatkowych dotyczące określenia straty w podatku dochodowym od osób prawnych oraz kwalifikacji wydatków spółki jako kosztów uzyskania przychodów wymagają kompleksowej analizy w aspekcie prawidłowości zastosowania art. 70 § 6 pkt 1 Op przy możliwym instrumentalnym wszczęciu postępowania karnego oraz zasadności zastosowania art. 11 ust. 1 w zw. z art. 15 ust. 1 updop.

Brak prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego w całości bądź w części, w odniesieniu do realizacji planowanej inwestycji oraz od wydatków związanych z bieżącym utrzymaniem inwestycji po jej zakończeniu.

Brak prawa do odliczenia podatku VAT w związku z realizowanym projektem.

Opodatkowanie sprzedaży udziałów w nieruchomości i obowiązek zarejestrowania działalności gospodarczej.

Brak prawa do odliczenia lub zwrotu podatku VAT w związku z wydatkami na realizację projektu.

Brak prawa do odliczenia naliczonego podatku VAT w odniesieniu do wydatków związanych z realizacją inwestycji.

Zakwalifikowanie otrzymanych odsetek od środków uzyskanych tytułem wniesionych wkładów za przychód zwolniony z opodatkowania.

Stosowanie różnych stawek opłaty zmiennej za pobór wód podziemnych powinno uwzględniać cel ich poboru, przy czym niższe stawki są przewidziane dla wody dostarczanej do celów zbiorowego zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia przez ludzi, zgodnie z zasadą 'zanieczyszczający płaci'.