W przypadku konfliktu między wpisami w KRS a informacjami złożonymi we wniosku o płatności w systemach wsparcia bezpośredniego, organ administracyjny jest zobligowany do przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego z udziałem wnioskodawcy, a nie do arbitralnego rozstrzygania na podstawie domniemania prawdziwości danych z rejestru.

Organy administracji publicznej nie mogą opierać się wyłącznie na domniemaniu prawdziwości danych z Krajowego Rejestru Sądowego przy rozstrzyganiu o przyznaniu płatności, jeśli pojawiają się rozbieżności z rzeczywistym stanem faktycznym; muszą one podjąć działania celem ustalenia rzeczywistej sytuacji przy udziałe beneficjenta.

Do zwrotu środków publicznych przekazanych w ramach pomocy publicznej stosuje się krajowe przepisy o przedawnieniu, co oznacza brak bezpośredniego zastosowania dziesięcioletniego terminu przedawnienia przewidzianego w art. 15 rozporządzenia Rady (WE) nr 659/1999, który dotyczy wyłącznie uprawnień Komisji Europejskiej.