W przypadku braku wykazania błędnej wykładni przepisów prawa materialnego przez sąd administracyjny niższej instancji, skarga kasacyjna oparta na tej podstawie nie może zostać uwzględniona.

Zasadniczym wątkiem rozstrzygnięcia jest nieuzasadnione przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT w pełnej wysokości przez organ podatkowy, co stanowi naruszenie przepisów ustawy o VAT, w szczególności art. 87 ust. 2. Rzetelność weryfikacji zwrotu wymaga wnikliwego uzasadnienia co do każdej spornej kwoty.

Przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki VAT musi być należycie uzasadnione obiektywnymi przesłankami. W przypadku braku dostatecznego uzasadnienia oraz wykazania rzeczywistych wątpliwości co do zwrotu podatku, jest ono nieważne. Zwrot powinien dotyczyć jedynie kwoty rzeczywiście spornej.

Naczelny Sąd Administracyjny uchyla wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego i postanowienie organu podatkowego, nakazując pełne zweryfikowanie zasadności przedłużenia zwrotu VAT, zgodnie z ustaleniami kontroli i wytycznymi NSA.

Przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku VAT winno opierać się na precyzyjnych, uprawdopodobnionych przesłankach wskazujących na konieczność dalszej weryfikacji zasadności zwrotu. Organ podatkowy, korzystając z uprawnienia do przedłużenia, musi jasno wykazać powody i objąć decyzją tylko kwotę rzeczywiście sporną.

Przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki VAT musi być należycie uzasadnione; brak wystarczającego uzasadnienia narusza art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, co skutkuje koniecznością uchylenia postanowienia organu podatkowego i ponownego rozpatrzenia sprawy.

Postanowienie przedłużające termin zwrotu nadwyżki podatku VAT za październik 2019 r. musi być należycie uzasadnione, opierając się na konkretnych wątpliwościach względem tego okresu; organ nie może opóźniać zwrotu bez solidnego uzasadnienia.

Naczelny Sąd Administracyjny, uznając skargę kasacyjną, stwierdza, że przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki VAT musi być należycie uzasadnione, a jego wstrzymanie powinno dotyczyć tylko części rzeczywiście spornej. Organ zaniechał wymaganego uwzględnienia faktów i okoliczności uzasadniających decyzję o dodatkowej weryfikacji.

Organ przedłużający termin zwrotu nadwyżki VAT powinien wykazać rzeczywiste i konieczne przesłanki do tej decyzji, a brak ich precyzyjnego uzasadnienia narusza prawo podatnika i skutkuje uchyleniem decyzji o przedłużeniu zwrotu jako całkowicie nieuzasadnionej.

W sprawach zmiany stanu wody na gruncie, ocena opinii biegłego musi uwzględniać logiczność oraz zgodność z doświadczeniem życiowym, co sąd administracyjny ma prawo weryfikować. Weryfikacja ta dotyczy zwłaszcza instancji, które przeprowadzają kontrolę legalności decyzji administracyjnych.

W sprawie o wymierzenie opłaty podwyższonej za przekroczenie warunków pozwolenia wodnoprawnego, właściwe jest stosowanie przepisów obowiązujących w dniu wydania decyzji zmieniającej warunki, respektując zasadę tempus regit actum.