Wykreślenie podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług w trybie art. 96 ust. 9 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług następuje poprzez dokonanie czynności materialno-technicznej i nie wymaga wydania decyzji administracyjnej.

Uczestnictwo w schemacie oszustwa podatkowego, nawet bez zamiaru popełnienia oszustwa, wyklucza prawo do odliczenia podatku naliczonego, jeśli podatnik nie wykazał należytej staranności w weryfikacji kontrahentów i rzeczywistego charakteru transakcji.

Podatnik nie nabywa prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur VAT, jeżeli faktury te nie dokumentują rzeczywistego obrotu gospodarczego, a transakcje miały charakter fikcyjny, stanowiąc element schematu oszustwa podatkowego.

Dokumenty księgowe, które nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, nie mogą stanowić podstawy do odliczenia podatku naliczonego ani do zastosowania szczególnych form opodatkowania, takich jak procedura VAT marża.

Rekompensaty za świadczone usługi transportu zbiorowego, mające na celu pokrycie strat związanych z działalnością użyteczności publicznej, nie stanowią dotacji, subwencji ani innych dopłat o podobnym charakterze zaliczanych do podstawy opodatkowania, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług.