Instytucja stwierdzenia nadpłaty nie znajdowała zastosowania we wszystkich przypadkach powstania nadpłaty w rozumieniu art. 72 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, lecz jedynie w wypadkach, gdy powstanie nadpłaty nie jest rezultatem działania systemu podatkowego /błędy organów podatkowych, funkcjonowanie systemu zaliczek na podatek, niekonstytucyjności

Wydatki poniesione na dokumentację przetargową, analizę ofert budowy czy projektów budowlanych nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, a powinny być traktowane jako koszty związane z konkretną inwestycją i katalogowane jako koszty wytworzenia środka trwałego. Przesądza o tym treść par. 6 ust. 5 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 stycznia 1997 r. w sprawie amortyzacji środków