W sprawach prowadzonych w przedmiocie zatwierdzenia projektu budowlanego zamiennego, a więc w ramach postępowania naprawczego, naprawie podlega to, co jest niezgodne z projektem pierwotnym. Projekt budowlany zamienny powinien uwzględniać zmiany wynikające z wykonanych już robót budowlanych i wskazywać zakres prac pozostających do wykonania.